Sekolah ini ditubuhkan pada Januari 1951 di bawah kelolaan Pn. Yap Hong Guan. Pada permulaannya, sekolah ini menumpang di salah sebuah bilik di Sekolah Rendah Anderson, Ipoh. Pada bulan Jun 1952, kesemua 5 bilik darjah telah dipindahkan ke bangunan di No 61, Jalan Chamberlain, Ipoh.

Pada Februari 1952, sekolah ini telah dirasmikan dan dinamakan Sekolah Raja Perempuan. Nama sekolah ini diambil sempena nama Raja Perempuan Taayah yang merupakan Yang Mulia Raja Perempuan Perak ketika itu. Baginda Tuanku juga telah mencemar duli merasmikan sekolah ini.

Ketika penubuhan sekolah ini, terdapat murid sekolah rendah dan juga sekolah menengah. Namun begitu, pada tahun 1960 sekolah rendah telah dipisahkan dari Sekolah Raja Perempuan. Bangunan di No. 71, Jalan Chung Thye Phin telah digunakan untuk menempatkan murid-murid sekolah rendah ketika itu. Pada 16 Mac 1974, Persatuan Ibu Bapa dan Guru sekolah telah ditubuhkan. Perpustakaan sekolah ini digunakan sepenuhnya pada bulan Januari 1975.

Kini, SK Raja Perempuan telah mempunyai tiga blok bangunan, iaitu bangunan Blok A, Blok B Warisan dan Blok 2000. Keunikan sekolah ini adalah senibina dan rekabentuk Blok B Warisan yang dijadikan sebagai pusat pentadbiran sekolah. Sementara itu, Blok 2000 merupakan blok bangunan tiga tingkat yang dibina berhadapan dengan padang sekolah di bawah Projek Bank Dunia pada November 1998. Blok ini siap sepenuhnya pada Disember 1999. Bangunan ini telah dirasmikan oleh Encik Salleh bin Mohd Husein, Ketua Sektor Pengurusan Sekolah dari Jabatan Pelajaran Negeri Perak pada 3 November 2000. Selain itu, SKRPI juga mempunyai sebuah makmal komputer yang telah dibina pada awal tahun 2002 dan siap sepenuhnya pada bulan Disember 2002.

Pada tahun 2015, SK Raja Perempuan telah dinobatkan sebagai Sekolah Kluster Kecemerlangan dengan kebitaraan dalam bidang Bahasa Inggeris dan seni tari. Anugerah ini telah menempatkan SK Raja Perempuan sebaris dengan sekolah-sekolah cemerlang yang terdapat dalam Malaysia. Pada tahun 2019, SK Raja Perempuan telah mencapai keputusan terbaik dalam Ujian Penilaian Sekolah Rendah dan menggungguli kedudukan sekolah terbaik dalam daerah Kinta Utara.

Semoga SK Raja Perempuan terus mencapai kegemilangan dalam setiap bidang.