馬偕紀念醫院創立於1880年,是北台灣最古老的西式醫院, 140多年來從事醫療傳道,造福無數病患。但近年來醫療生技快速進步,深切體會到沒有基礎研究及教學的支持,臨床服務有其侷限,傳承不易,尤其社會環境丕變,醫療人員服務奉獻的熱情日漸淡薄,有感於此,當時之馬偕紀念社會事業基金會(即馬偕紀念醫院董事會,現已改為馬偕醫療財團法人)遂於1995年開始籌設醫學院,立意以耶穌基督救世服務人群的愛心,效法馬偕博士「寧願燒盡,不願銹壞」之精神,結合馬偕紀念醫院既有之臨床醫療基礎、充沛之研究與教學能力,培育富有尊重生命、關懷弱勢族群之醫療專業人才,並以基督信仰為基礎,提供學生「身、心、靈完整醫治」之全人醫學教育訓練為前提,設校興學。歷經十餘年的努力,於2009年3月30日立案申請通過,教育部准予立案並同意於同年開始招生, 學校創立迄今已步入第14年。
1871年12月 馬偕博士抵台
1872年 3 月 馬偕博士乘船抵達淡水開始醫療傳道
1994年 2 月 謝英皆前董事長於財團法人台灣基督長老教會馬偕紀念社會事業基金會第40屆(總會)馬偕護專醫學院籌備委員會會議中,提案推動醫學院籌設事宜
1995年10月 成立醫學院籌備小組
1996年 2 月 基金會第42屆(總會)董事會馬偕醫學院籌備小組會議,由林逸民董事擔任召集人,確定三芝為醫學院校址
1997年 3 月 成立馬偕醫學院籌備處向教育部提出馬偕醫學院設校申請
1999年 5 月 聘請高銘憲教授為馬偕醫學院籌備處主任
2003年 3 月 內政部區域計劃委員會通過校園整體開發計畫
2005年 2 月 教育部通過馬偕醫學院許可籌設
2005年 9 月 第一屆董事會選出林建德牙醫師擔任董事長
2006年12月 財團法人設立登記
2007年 7 月 取得校園建築工程執照
2008年 4 月 第一期校舍新建工程正式施工
2008年 5 月 聘請方菊雄教授擔任馬偕醫學院籌備處主任
2009年 1 月 第二屆董事會選出黃俊雄醫師擔任董事長
2009年 2 月 教育部通過立案申請醫學系及護理學系
2009年 4 月 教育部同意聘用魏耀揮教授為首任校長、第一期校舍落成感恩禮拜
2009年 7 月 招收第一屆學生
2009年 9 月 首任校長授職暨創校開學典禮
2011年10月 第二期校舍新建工程簽約動工(10/17)、召開第一次校務發展諮詢委員會議(10/20)
2011年12月 第一次校務評鑑(12/12)
2012年 1 月 生物醫學研究所獲准成立(1/3)
2012年 4 月 聽力暨語言治療學系獲准成立(4/26)
2013年 3 月 第三屆董事會選出林逸民醫師擔任董事長(3/31)、第四週年校慶暨第二期校舍落成感恩禮拜(3/23)
2013年 5 月 續聘魏耀揮教授為本校第二任校長
2013年 6 月 第一屆護理學系學生畢業(6/15)
2013年 7 月 護理學系二年制在職專班獲准成立招生(7/5)
2013年 8 月 教育部函知「二校法人合併案」同意辦理(8/27)
2014年 6 月 第四屆董事會選出林逸民醫師擔任董事長(6/5)、第一屆生物醫學研究所研究生畢業(6/14)
2014年 9 月 長期照護研究所獲准成立(9/12)
2015年 1 月 教育部核定改名為「馬偕學校財團法人馬偕醫學院」 (1/20)
2015年 2 月 醫學系大體解剖實驗室暨標本展示室啟用儀式(2/24)
2015年 9 月 招收首屆僑生入學
2015年11月 醫學系接受104學年度 TMAC 正式全面評鑑(11/17-21)
2016年 6 月第一屆醫學系、聽語學系及護理學系二年制學士在職專班學生畢業(6/6)
2017年 7 月 護理學系增班獲准通過(7/28)
2017年 8 月 李居仁教授接任本校第三任校長(8/1)
2017年10月 第二次校務評鑑(10/24)
2018年 8 月 高齡福祉科技研究所獲准成立(8/6)
2018年 9 月 生醫所博士班獲准成立(9/13)
2018年10月 第五屆董事會選出劉世春牧師擔任董事長(10/25)
2019年 7 月 聽力暨語言治療研究所獲准成立(7/16)
2019年 7 月 長期照護在職專班獲准成立(7/16)
2020年 4 月 第五屆董事會選出賴允亮醫師擔任董事長(4/23)
2021年 8 月 李居仁教授續任本校第四任校長(8/1)
2022年 7 月 護理學系碩士班獲准成立(7/25)
2022年 7 月 視光學系獲准成立(7/27)