ผู้บริหารโรงเรียนประกอบด้วย

1. พระกิตติวิมล (อัมพร กตปุญโญ) เจ้าอาวาสวัดเจดีย์หลวง วรวิหาร ผู้รับใบอนุญาตโรงเรียนเมตตาศึกษา ในพระราชูปถัมภ์ฯ

2. พระครูปลัดสุวัฒนเมตตาคุณ ผู้จัดการโรงเรียนเมตตาศึกษา ในพระราชูปถัมภ์ฯ

3. นายจำรัส มณีวรรณ ผู้อำนวยการโรงเรียนเมตตาศึกษา ในพระราชูปถัมภ์ฯ

4. นายภาคภูมิ แพงจันทร์ ผู้ช่วยผู้อำนวยการฝ่ายวิชาการ

5. นายพิสุทธิ์วัฒน์ ขอดคำ ผู้ช่วยผู้อำนวยการฝ่ายกิจการนักเรียน