Las partes podrán ofrecer toda clase de pruebas permitidas por la ley y la Comisión puede requerirlas o recabarlas de oficio y serán valoradas en su conjunto por el Visitador ya que cuenta con la más amplia facultad para admitir o desechar las pruebas que le sean ofrecidas, atendiendo a la naturaleza del asunto y a fin de que puedan producir convicción sobre los hechos, materia de la presunta violación.

(Artículo 95 y 96 de la LCODHEM). 

Dando fin al periodo probatorio, en el artículo 99 de LCODHEM, menciona que la Comisión puede dictar las resoluciones siguientes: 

I. Acuerdos: cuando sean determinaciones de trámite, que emita en los expedientes.

II. Resoluciones de no Responsabilidad: cuando no se acrediten las violaciones a Derechos Humanos.

III.  Recomendaciones: cuando se comprueben las violaciones a Derechos Humanos.

IV. Recomendaciones Generales: cuando derivado de los estudios realizados por el Organismo, se determine que diversas autoridades han vulnerado Derechos Humanos, las cuales no requieren aceptación por parte de las autoridades a quienes vayan dirigidas. Sin embargo, la verificación de su cumplimiento se hará mediante la realización de estudios generales, que para tal efecto realice la Comisión. 

Una vez agotada la investigación se concluye el expediente de queja, por alguna de las siguientes causas: 

a) Por no competencia para conocer de la queja planteada.

b) Por no tratarse de violaciones a los Derechos Humanos, en cuyo caso se dará orientación jurídica a las y los quejosos.

c) Por haberse dictado la recomendación correspondiente.

d) Por haberse emitido un documento de no responsabilidad

 e) Por desistimiento de la quejosa o el quejoso.

f) Por falta de interés del quejoso para continuar el procedimiento. 

g) Por acuerdo de acumulación de expedientes.

h) Por no existir materia para seguir conociendo del expediente de queja. i) Por haberse solucionado la queja mediante los procedimientos de conciliación o durante el trámite respectivo.