一、期刊論文
1. 林蘭芳，1989/06，〈資源委員會的特種礦產統制（1936-1949）〉，國立政治大學歷史研究所碩士論文。
2. 林蘭芳，1989/12，〈資源委員會的特種礦產統制與各地之反應〉，《國史館館刊》，復刊第7期。
3. 林蘭芳，1996/03，〈日據末期臺灣「皇民奉公」運動（1941-1945）〉，《中華民國史專題研究第三屆討論會論文集》，臺北：國史館。
4. 林蘭芳，1996/06，〈抗戰時期工業合作運動理論基礎之形成〉，《立法院院聞》，24:6。
5. 林蘭芳，2001/05，〈臺灣早期的電氣建設（1877-1919）〉，《國立政治大學歷史系學報》，第18期。
6. 林蘭芳，2003/06，〈工業化的推手—日治時期臺灣的電力事業〉，516頁，國立政治大學歷史研究所博士論文。
7. 林蘭芳，2003/12，〈日治末期臺灣電力事業一元化（1940-1944）——臺灣電力株式會社合併東西部民營電力事業〉，《臺灣風物》，53:4。
8. 林蘭芳，2003/12，〈日治時期東臺灣的電力民營事業（1917-1944）〉，《東臺灣研究》，第8期。（實為2004年5、6月出刊）。
9. 林蘭芳，2010/07，〈電力技術者的知識來源與實踐—以《臺電社報》為主的探討（1919-1944）〉，《中央大學人文學報》，43。
10. 林蘭芳，2012/09，〈地方知識的傳承與轉化：劉枝萬先生的「鄉土史」〉，《臺灣風物》，62:3。
11. 林蘭芳，2013〈戰後初期資源委員會對臺電之接收（1945-1952）--以技術與人才為中心〉，《中央研究院近代史研究所集刊》，第79期。
12. 林蘭芳，2013，〈日治時期產業組合與臺灣農村〉，收於李力庸等主編，《新眼光：臺灣史研究面面觀》，新北市：稻鄉出版社。
13. 林蘭芳，2013，〈木瓜溪水利灌溉與水力發電〉，《臺灣學通訊》，74，頁18-19。
14. 林蘭芳，2013/12/13，〈日記與日記解讀班的學術養分〉，中央研究院臺灣史研究所主辦，「《灌園先生日記》出版完成座談會暨發表會」。後收於2014/6，楊水心著，許雪姬編註，《楊水心女士日記（一）一九二八年》，臺北市：中央研究院臺灣史研究所。頁277-281。
15. 林蘭芳，2014，〈嚴家淦與戰後初期臺灣保險業（1945-1963）〉，收入國史館主編，《關鍵轉型——嚴家淦先生與臺灣經濟發展》，臺北：國史館。
二、會議論文
1. 林蘭芳，2001/12/13-14，〈日治時期東臺灣的電氣建設與產業發展——以民營會社為主的探〉，「國家與東臺灣區域發展史研討會」論文（中央研究院臺灣史研究所籌備處主辦）。
3. 林蘭芳，2005/07/13-14，〈日治時期的產業組合與農民〉，「地方菁英與農民運動研討會」（中央研究院臺灣史研究所主辦）。
4. 林蘭芳，2005/10/24，〈日治時期臺灣電力技術的學習與實踐——以臺電社報為例的討論〉「1895-1945東亞歷史轉型期中的臺灣學術研討會」。
6. 林蘭芳，2006/10/12-13，〈馴水為用：大甲溪綜合開發計畫（1930s-1970s）〉，「黨國體制冷戰初期的兩岸社會經濟學術研討會」（中央研究院近代史研究所主辦）。
7. 林蘭芳，2008/10/18-19，〈地方知識的傳承與轉化—劉枝萬先生的「鄉土史〉，「2008年水沙連區域研究學術研討會：劉枝萬先生與水沙連區域研究」（暨南國際大學人類學研究所主辦）。
8. 林蘭芳，2008/10/30-31，〈戰時體制下臺灣、朝鮮電力事業統合（1931-1945）〉，「日本帝國殖民地史比較研究國際學術研討會」（中央研究院臺灣史研究所主辦）。
9. 林蘭芳，2009，〈科技與社會—以日月潭水力發電工程為例（1919-1934）〉，收錄於侯坤宏等主編，《社會經濟史的傳承與創新—王樹槐教授八秩榮慶論文集》，臺北：稻鄉出版社。
10. 林蘭芳，2010/5/20，〈數位檔案與臺灣史研究--以新高製糖株式會社為例（1909-1935）〉，「數位時代下的臺灣研究」（國立暨南大學圖書館．漢珍數位公司主辦）。
11. 林蘭芳，2010/8/21-25，〈被忽略的故事：戰後資源委員會對臺電之接收（1945-1952）〉，「海峽兩岸近現代政經比較研究國際學術研討會」（國立暨南國際大學歷史學系．東京大學社會科學研究所當代中國研究基地主辦）。
12. 林蘭芳，2011/8/20，〈日治時期東臺灣的信用組合與產業發展〉，「現代中國金融與產業國際學術研討會」（河南大學經濟學院．東京大學社會科學研究所當代中國研究基地主辦）。
14. 林蘭芳，2012/12/8，〈一個公司兩個時代：朱江淮與臺電〉，發表於中央研究院臺灣史研究所舉辦之「2012年：戰後臺灣歷史的多視鑲嵌瓦主體創造工作坊（三）人脈篇」會議為邀稿，有評論人。
16. 林蘭芳，2013/12/21-22，〈鎢砂交易與戰時廣東地方社會〉，「產業與區域經濟發展國際學術研討會暨經濟歷史研究學術論壇」，珠海：廣東中山大學商學院主辦。
17. 林蘭芳，2014/10/2-3，〈臺電與南進：以廣東省為中心的電力人才派遣〉，「日本帝國與殖民地：人流與跨境國際學術研討會」，臺北：中央研究院臺灣史研究所主辦。
18. 林蘭芳，2014/10/10-12，〈大倉商事與臺灣初探〉，「2014年中國經濟史學會年會暨『經濟轉型與社會經濟持續發展』國際學術研討會」，開封：河南大學經濟學院主辦。
19. 林蘭芳，2015/09/11-2015/09/12，〈日治末期大型水力發電事業之推展：臺灣與朝鮮的比較〉，發表於「韓國與臺灣植民地經濟史比較研究學術會議」，韓國高麗大學。研討會未對外徵稿，有會議評論。
20. 林蘭芳，2016/5/13-14，〈戰地琅嶠的後勤補給：大倉組與牡丹社事件〉，發表於「變動中的東亞：跨域視野的觀察國際學術研討會」，中壢：國立中央大學歷史研究所主辦。
21. 林蘭芳，2016/6/25，〈文本、實作與歷史知識：課程教學經驗談〉，發表於「文本、閱讀與歷史教學學術研討會」，臺北：東吳大學歷史學系主辦。
22. 林蘭芳，2016/10/1，〈大宅院裡的女性情誼—以楊水心女士為中心〉，發表於「紀念楊水心女士逝世六十週年暨楊水心日記發表會工作坊」，臺中：中央研究院臺灣史研究所．國立中興大學歷史學系聯合主辦。
23. 林蘭芳，2016/10/21，〈跨域仲介：日治時期大倉商事與臺灣工業機械之引進〉，發表於「日本帝國與殖民地：人流與跨境(二)國際學術研討會」，中央研究院臺灣史研究所主辦。
24. 林蘭芳，2016/11/18，〈戰爭時期臺灣的夜間生活：以燈火管制為中心〉，發表於「第六屆日記研討會：日記中的時代轉換學術研討會」，中央研究院臺灣史研究所、國立暨南國際大學歷史學系聯合主辦。
25. 林蘭芳，2017/06/02，〈戰後政治事件中的臺灣女性：以二二八和白色恐怖為中心〉，發表於「第12屆『濟州論壇：分享亞洲未來願景』『濟州4．3、東亞女性、弱勢者的人權與和平』」。地點：濟州島國際研究中心。
26. 林蘭芳，2017/08/11，〈殖民近代化的建造——大倉土木與臺灣〉，發表於「臺灣與韓國殖民地經濟史比較第四次小型工作坊：戰時體制與日常生活(1949-1960)」，中央研究院臺灣史研究所主辦。
27. 林蘭芳，2017/08/17-18，〈筆談與口傳——牡丹社事件中異民族的訊息交流〉，發表於「帝國邊緣與流動：清代下淡水溪平原暨山腳、恆春半島社會秩序」，中央研究院臺灣史研究所主辦。
28. 林蘭芳，2017/11/29，〈日治時期的日月潭之旅〉，發表於「印象水沙連紀錄片放映暨文史講堂」，故宮博物院、國立暨南國際大學歷史學系聯合主辦。
29. 林蘭芳，2018/12/13-15，〈筆談與口傳：牡丹社事件中異民族的訊息交流〉，發表於「帝國、邊區與流動：18、19世紀臺灣沿山社會秩序」國際學術研討會，中央研究院臺灣史研究所、國立暨南國際大學歷史學系主辦。
三、專書
1. 林蘭芳，1998/02，《資源委員會的特種礦產統制（1936-1949）》（政治大學史學叢書2），臺北：國立政治大學歷史學系。
2. 林蘭芳，2005，《續修澎湖縣經濟志》，馬公：澎湖縣政府。
3. 侯坤宏．林蘭芳主編，2009/12，《社會經濟史的傳承與創新—王樹槐教授八秩榮慶論文集》，臺北：稻鄉出版社。
4. 黃紹恆．陳鴻圖．林蘭芳編著，2012/08/01，《臺灣社會經濟史》，蘆洲：國立空中大學。
5. 李力庸、張素玢、陳鴻圖、林蘭芳主編，2013/8/13，《新眼光：臺灣史研究面面觀》，臺北：稻鄉出版社。
6. 林蘭芳，2011/05，《工業化的推手—日治時期臺灣的電力事業》（政治大學史學叢書22），臺北：國立政治大學歷史學系。
7. 林蘭芳，2020/10/1，《暨南之心‧懷抱千里：國立暨南國際大學二十五年校史》，國立暨南國際大學歷史學系/國立暨南國際大學。
四、書評及其他
■ 翻譯
1. 林蘭芳，1991/05，翻譯短文：皆見於《歷史月刊》，第40期。
2. 林蘭芳，1991/05，〈日本稻從那裡來？〉，取材自渡部忠世〈イネはどこからきたか─雲南と江南を經た道のり〉，《歷史月刊》，第40期。
3. 林蘭芳，1991/05，〈吳越文化對彌生文化的影響〉，取材自桶口隆康〈江南文化の日本への流入─彌生文化に影響與えた吳越文化〉，《歷史月刊》，第40期。
4. 林蘭芳，1991/05，〈徐福帶給日本彌生文化嗎？〉，取材自內藤大典〈傳說と真實の狹間─徐福彌生文化をもたらしたか〉，《歷史月刊》，第40期。
■ 書評
1. 林蘭芳，1998/09，〈李盈慧：《華僑政策與海外民族主義（1912-1949）》〉，《近代中國史研究通訊》，第26期。
■ 計畫案
1. 林蘭芳，94 年度國科會計畫，赴日參訪，計畫編號：NSC94-2411-H-260-001，執行起迄：2005/01/01-2005/03/31。
2. 林蘭芳，2005/08/01-2006/07/31，94年度國科會研究計劃，「大倉財閥在臺灣（1/2）」，計劃編號：NSC94-2411-H-260-002。
3. 林蘭芳，2006/08/01-2007/07/31，95年度國科會研究計劃，「大倉財閥在臺灣（2/2）」，計劃編號：NSC NSC94-2411-H-260-002。
4. 林蘭芳，2007/08/01-2008/07/31，96年度國科會研究計劃，「近代化的建構——大倉土木與臺灣」，計劃編號：NSC96-2411-H-260-001。
5. 林蘭芳，2007/08/01-2008/07/31，教育部96年度人文社會學科學術強化創新計畫：經典研讀活動——伊能嘉矩《臺灣文化志》經典文獻研讀（第一年）。
6. 林蘭芳，2008/08/01-2009/07/31，教育部97年度人文社會學科學術強化創新計畫：經典研讀活動——伊能嘉矩《臺灣文化志》經典文獻研讀（第第二年）。
7. 林蘭芳，2008/08/01-2009/07/31，97年度國科會研究計劃，「大倉財閥在臺灣」（學術專著），計劃編號：NSC97-2420-H-260-29。
8. 林蘭芳，2012/08/01-2013/07/31，101年度國科會研究計劃，「臺灣總督府土地放領政策之形成與執行—以「豫約賣渡」為中心—劉銘傳清賦事業、臺灣總督府退官者」，計畫編號：NSC101-2410-H-260-040。
9. 林蘭芳，計畫共同主持人，2013/06/01-2014/05/31，〈補助人文及社會科學研究圖書計畫規劃主題：臺灣與周邊國家〉，國科會獎助的圖書採購計劃，編號NSC 102-2420-H-260-004-2E。
10. 林蘭芳，2016，政治大學人文中心「尋求歷史座標點計畫」歷史辭條撰寫計畫。
■ 其他
1. 林蘭芳，2004，參與許雪姬總纂，《臺灣歷史辭典》之撰寫。
2. 林蘭芳，2000/09，〈學人簡介：王樹槐〉，《近代中國史研究通訊》第三十期。（與侯坤宏、李宇平合寫，負責部分為王先生之電業研究）。
3. 林蘭芳，2001/09，〈「清代檔案與臺灣史」學術研討會紀要〉，《近代中國史研究通訊》第三十二期。
4. 林蘭芳，2001/12，〈「國科會臺灣史專題研究計畫成果發表」研討會紀要〉，《國史館館刊》復刊第三十一期。
5. 林蘭芳，2006/03，〈說我霧峰林家〉（林博正主講，林蘭芳紀錄），《臺灣文獻》，第57卷第1期。
6. 林蘭芳，2015/05/08，〈檔案中的故事：恆春圍城〉，收錄於歷史學柑仔店網站：https://kamatiam.org/。
7. 與近史所同仁合編，林蘭芳擔任訪問人，2015，《近史所一甲子：同仁憶往錄（下）》，臺北：中央研究院近代史研究所。
8. 林蘭芳，2016/09/30，〈從返臺到自行遣返：戰後初期日僑塩見俊二〉，收錄於歷史學柑仔店網站：https://kamatiam.org/。
9. 林蘭芳，2018/04/13，〈漢拿山．冬柏花—濟州島4．3事件及其反〉，收錄於歷史學柑仔店網站：https://kamatiam.org/。
10. 林蘭芳，2022/01/14，〈馬偕與新店教會（1874-1901）—以《馬偕日記》為主〉。