เพื่อให้การจัดกิจกรรมพัฒนาผู้เรียนมีประสิทธิภาพภายใต้สภาพแวดล้อมที่เหมาะสมและปลอดภัยสามารถรองรับการจัดกิจกรรมสำหรับนักเรียน และบุคคลภายนอกที่มาใช่บริการโรงเรียนแม่สายประสิทธิ์ศาสตร์จึงได้จัดทำโครงการวิ่งเพื่อสุขภาพ  โรงเรียนแม่สายประสิทธิ์ศาสตร์เพื่อจัดหาทุนทรัพย์ในการจัดกิจกรรมการเรียนรู้และเพื่อส่งเสริมให้เกิดการออกกำลังกาย ซึ่งจะส่งผลดีต่อสุขภาพและสุขภาพจิต