1998年從建校開始，科學科老師便致力於將科學用於生活中，使靈風的科學科課程打好了良好的 STEM 基礎。 除了鼓勵學生運用科學知識了解、研究及改良各種不同的科學玩具外，還創立了科學札記，訓練學生留意並寫下生活中的事情，運用科學知識去分析及了解。另外還創立了實驗室考牌制度，使每一位初中學生都能對實驗的基本技巧有足夠的掌握，亦是近年所推行的科學程序技能中的（SP4*）「進行實驗」。

在大約2008年，靈風科學科老師已參與香港教育局及香港數理教育學會一起制定六種科學程序技能（6 Science Process Skills: SP1-SP6*）。

在2013年左右科學科老師更被借調教育局，與香港數理學會及中文大學一起發展關於六種科學程序技能的教材：

在中一及中二，每年三個學期，總共六次考試中每份考試卷加入了20%的實驗試題，因為其中題目的結構每次都相同，所以能夠幫助學生更加容易形成一個整體的科學探究程序及形式。在試題結構中特別強調公平測試的設計、分辨不同變項，在一些實驗情景作出假設，利用四格漫畫幫助指出不同的儀器及四個量度應變項的實驗程序，使學生掌握書寫實驗程序時所需的名詞 ( 通常是科學儀器及物料 ) 及常用動詞。

老師在借調期間亦與教育局職員及借調老師們，一起勾劃出香港教育的數學與科學課程的互相協調之不足。之後，老師因應在討論中得出最缺乏的兩項，在初中的科學科課程中加入及強化：在中一中二強化學生對比率的計算能力；另外在中三物理課中加入直線模型並強化學生處理直線的能力，計算直線斜率及其物理意義。

在2017年左右本校聯同香港理工大學，為中二同學舉辦一項名為「全港機械人海洋保育運動工作坊」之跨學科 STEM (科學、科技、工程及數學) 學習活動。此項活動最初由本校科學科與香港理工大學策劃，希望學生藉著大學生的協助，透過觀察、參觀、工作坊及分組活動，加深同學對 STEM的了解及運用，以豐富學生的學習經驗。此項目除了學到一般機械車的程式控制外，還運用人體系統手臂上的肌電來聯系機械系統中的機械臂，使學生接觸到兩個截然不同系統之間的介面控制。

近年，生物科老師更在初中的科學科課程中，發展了在中一的飼養蜜蜂、中二的生態導賞及中三的飼養水母，這些都能讓學生更加明白在科學課程中的四個統一概念(4 Unifying Concepts: UC1-UC4@)。

另外，老師與學生一起欣賞科幻電影，除了可以分析與學科知識相關的情節外，更可以討論科學的本質 (NOS：Nature of Science#) ，例如：「科學與迷信」、「大膽假設，細心求證」、「科學與科幻」等題目。

*SP1：觀察、量度和記錄資料

*SP2：比較和分類（包括指出相同與相異之處，分組和排序，制訂檢索表）

*SP3：計劃及設計探究活動（包括提出可供探究的問題，預測 / 提出假說，分辨變數，訂定量度的範圍 / 區間 / 時間和次數，於設計實驗當中體現公平測試）

*SP4：進行實驗（動手做實驗包括選擇及操作儀器，採取預防措施，採用控制變數的方法）

*SP5：闡釋資料 /推論（包括作出結論）

*SP6：傳達（利用不同方式表達資訊和見解）

@UC1：統和組織、

@UC2：證據和模型、

@UC3：變化和恆常、

@UC4：形態與功能

#NOS：科學的本質