El Progreso fue habitado por los aborígenes de la etnia Nahualt los cuales hablaban el dialecto Guasxhtl, de donde proviene el nombre Guastatoya (nombre de la cabecera) que se traduce a “lugar donde termina el frío y comienza el calor.”

Los hallazgos arqueológicos datan del periodo Maya precolombino, y aquí se descubrió el Vaso Esculpido de Guastatoya que es una pieza de gran valor arqueológico.

En 1530, el valle del Motagua fue conquistado por los españoles. Durante muchos años (hasta 1821), los españoles y los criollos hispánicos se asentaron en esta zona la cual se convirtió en la principal ruta por donde los españoles entraban a Guatemala durante la conquista.

El río Motagua el cual atraviesa este departamento fue un recurso esencial para que los europeos penetraran al territorio guatemalteco. Al considerar los datos históricos se observa que hay poca información relacionada a los poblados ancestrales del valle del Motagua y la época colonial, pero se sabe que el cacique Cazhualan o Cazabastlán era el que recibía los tributos y tuvo el control absoluto de la región por muchos años.

En 1845, El Progreso fue escenario de luchas entre el gobierno de Rafael Carrera y una facción llamada Los Lucios, grupo rebelde que se opuso a la expropiación de tierras. Luego, en el tiempo del general Justo Rufino Barrios, las tropas de Guastatoya participaron para reconstruir la Unión Centroamericana en 1855.