視聽教學系統於1979年起引入本校，用以輔助課程教學，牙醫系館也在此背景下建置視聽教學設備，學生透過錄影帶、閉路電視觀摩臨床個案。教學影片除向國外購買，亦有自製影片，由牙醫學系同仁至榮總拍攝老師執刀過程，並在老師指導下剪輯供學生使用。

問題導向學習（Problem-Based Learning，簡稱PBL），發源於加拿大McMaster大學，強調以學生為中心組成小組自行分析課題，並蒐集資料、討論，最後產生共識及答案。

牙醫學系大一大二的基礎醫學課程，不僅與醫學系聯合推動醫牙基礎整合課程，更舉辦牙醫學系PBL研習營、推動口腔醫學之PBL教育，成為當時七院校牙醫學系首創。2002年在張哲壽院長安排下，派遣高壽延等人前往英屬哥倫比亞大學考察該校醫牙整合課程，於2004年9月實施「醫三牙二PBL基礎臨床全面整合」課程。2014年，在許明倫院長帶領下，赴上海交通大學口腔醫學院進行PBL示範教學，並簽署合作協議，進一步發揚牙醫PBL教育。

過去國內牙醫教育體制，各校牙醫學系皆隸屬於醫學院，無法滿足培養現代全方位牙醫學人才之需求。為成立臺灣第一所國立牙醫學院，1992至1993年相繼設立牙醫科學研究所及口腔生物研究所，培育臨床及基礎牙醫教學師資與研究人才，1994年陽明醫學院改制為大學，成立牙醫學院籌備處， 2000年奉准成立牙醫學院。

隨著科技進步，牙科數位化已為趨勢。在基礎研究領域方面，致力於發展3D列印、數位牙醫及高齡牙醫學等新興領域。

在數位牙科領域，2022年口腔組織工程暨生技材料研究所成立，以推動本土牙材產業升級，且培養人才研發新式牙材及創業為目標。2017年創立衍生企業「陽明數位牙材股份有限公司」（Enlighten Materials)，研發製造3D列印牙科樹脂產品，在李士元、林元敏教授等團隊努力下，不僅榮獲2020年國家新創獎、2021年經濟部中小事業處「績優創育機構暨破殼而出企業」等多項國內外肯定，更成為臺灣首家通過TFDA認證、可合法販售的3D列印牙材企業。

在精準醫療領域，口腔生物研究所黎萬君教授與謝宜達博士發現癌細胞中異常粒線體生理的重要性，使粒線體基因有望成為頭頸癌標記。高齡牙醫學方面，林嘉澍教授則結合腦科學研究，探討口腔健康與大腦認知功能的關聯性，並研究老化對口腔感覺與運動功能的影響。

2023年通過成立校級研究中心「口腔醫學研發創新中心」，整合跨校區研究資源，以精準醫學、延展實境、轉譯牙醫及創新教育等跨領域核心平台，推動口腔醫學之永續發展。