艱困突圍 

受限於高教經費短缺，教育部以不增加員額與經費原則核准升格計畫，種下校務發展的困局，不僅經費與員額不足，學院規模也隨之縮減。此外，因無前例可循，校內組織需考量醫學院與其他學院間的平衡，例如改制初期生命科學院的科所分配，引發師生對於醫學院是否被淘空的疑慮，而醫事技術學院因院內系所駁雜，也需要重新定位。加上陽明未因改制而獲得設立附屬醫院的機會，如何調整與臺北榮總的聯繫，亦成為大學初期的挑戰。