榮總成立之初並無牙科，院長盧致德指派國防醫學院牙醫學系主任教官惠慶元擔任首任牙科主任，於1959年2月外科部下設立牙科門診，負責拔牙、補牙或小型口腔外科等牙科醫療。在其任內，牙科於1975年正式自外科部獨立，初步施行分科作業，分為牙周病科、牙髓病科、兒童牙科、贋復牙科、口腔外科等，並延攬張哲壽擔任首任總醫師。1977年將牙科自中央樓遷至第二門診大樓四樓並增加診療設備數量。

1979年惠慶元主任退休赴美，詹兆祥主任接手其職務，爭取經費並擴增牙科醫療規模。1982年升格牙科為牙科部，下設五個獨立科，正式成立口腔顎面外科，並增建門診空間，打造榮總牙科部為全國最大的口腔醫學中心。此外，詹主任於1981年創辦《臨床牙醫學雜誌》，強化醫師研究與寫作能力，為當時牙醫界重要的研究交流管道 。1997年詹主任退休後，由林子淮與張哲壽相繼接任牙科部主任，持續推動牙科部發展茁壯。在張哲壽主任的建議下，2007年牙科部正式更名為口腔醫學部，朝向深化牙科專業及發展全人照護的目標前進。