微免所自1981年成立以來，誕生不少成就傑出的校友，如康乃爾大學眼科教授宋青華、發現長壽基因的蔡亭芬等，各在生物學不同的領域發光發熱：
蔡錦華：臺灣大學微生物學科暨研究所教授，研究領域為EB病毒之分子生物學，榮獲陽明大學第十七屆傑出校友
唐堂：中央研究院生物醫學科學研究所特聘研究員，研究領域為罕見疾病小頭症
黃雪莉：微生物及免疫學研究所教授，研究領域為細菌及藥物研發等
蔡亭芬：生命科學系暨基因體科學研究所教授，研究領域為長壽基因及老化生物學。與國衛院蔡世峰和博士生陳怡帆，共同發現CISD2基因調控哺乳動物壽命，有效改善諸多老年病症
謝世良：中央研究院基因體研究中心特聘研究員，研究領域為微生物感染、癌症及自體免疫反應等，曾任本校微生物及免疫學研究所特聘教授，榮獲陽明大學第一屆傑出校友
宋青華：美國康乃爾大學醫學院眼科教授，曾任美國康乃爾大學醫學院細胞與發展生物學教授，研究領域為眼睛視網膜的細胞學
喻秋華：現任國家衛生研究院分子與基因醫學研究所研究員兼副所長，研究領域為斑馬魚的發育及癌症腫瘤