建校初期，校門題字「國立陽明醫學院」，1994年改制大學後改為「國立陽明大學」，2021年合校後維持「國立陽明大學」題字至今。

2020年因舊警衛室與牌樓間距過窄 ，故拆除舊警衛室，拓寬人行步道、增加植栽及夜間照明，以提供寬敞之人行步道。

1952年建立之台灣省物資局倉庫，於1985年撥給本校作為室內運動場使用，2001年10月啟用為「生活文化廣場」，具餐飲、休閒、閱讀、展演等機能，成為陽明師生與社區居民共享之活動天地與藝文空間，2017年「頂尖研發大樓」完工啟用，並正式命名為「守仁樓」，作為教學、研究與演講廳空間。

山下運動場涵蓋現今傳統醫學大樓、圖資大樓、網球場及排球場，傳統醫學大樓最早是山下操場，圖資大樓則是籃球場，山下運動場於于俊院長時期規劃遷移至山上。2006年圖資大樓落成啟用，提供圖書館、腦科學研究所等行政、教學及研究單位進駐，圖書館位於圖資大樓1-3樓。

致和園區原為台灣省訴願委員會眷舍，後由教育部學產基金接管，1996年起由本校承租，1999年成立陽明創新育成中心，2000年成立榮陽基因體研究中心，2006年撥用本校。2021年合校後，發展方向為打造智慧健康生活基地，目前暫時規劃為停車場。

1977年，陽明醫學院與台北榮民總醫院合蓋榮光幼稚園，2001年將土地撥用本校，2006年底榮光幼稚園遷回北榮院區。原幼稚園區域於2012年底重新整修後啟用，更名「博雅中心」，學務處、軍訓室等單位進駐。2013年陽明書坊與咖博館進駐，2016年停止營業，2017年由台灣惠蓀咖啡陽明店接手營業。

單身宿舍1980年完工，位於於榮光幼稚園旁邊小徑空地上，提供教職員申請居住，因建物水泥氯離子濃度太高，2017年拆除，現為空地。

韓偉故區原為院長官邸，1990年學生輔導中心（現健康心理中心）搬遷至官邸，原本空間僅為一樓車庫，後擴張到餐廳、客廳，最後整棟樓層皆為中心所用。1995年學生輔導中心搬遷至活動中心6樓，2022年重新整修為「韓偉故居」，擺放韓偉院長文物、手稿，供預約參觀。

1979年圖書館獨立建築落成啟用，2006年遷移至圖資大樓，原圖書館則成為醫學館，供醫學系使用。

興建於1986年，歷經20餘年使用，因結構老化有安全疑慮，2010年停止使用，並拆除重建為室內溫水游泳池，2015年啟用。

山頂運動場於1994年啟用，有田徑場、足球場、籃球場、排球場及高爾夫球場。高爾夫球場因占用私人土地，2018年拆除。