Роман «Майстер і Маргарита» побудований за допомогою композиційного прийому «роману в романі», він поєднує роман Майстра про біблійну історію зіткнення Ісуса і Понтія Пілата та роман про самого Майстра. Дія фабул відбувається відповідно у 29 і 1929 роках від Різдва Христового, й таким чином, вони розвиваються ніби одночасно. Це дає змогу письменникові розглядати сучасність із позиції вічності та крізь призму християнських цінностей.

Роман «Майстер і Маргарита» часто називають романом-лабіринтом. Іноді читачеві здається, що рухатись на його сторінках можна в різних напрямках, але врешті-решт все сходиться в одній точці — заключному акорді грандіозного фіналу.

Така художня структура твору — не просто витвір фантазії митця. Змальовуючи різні світи, Булгаков наголошував на розриві між ними. Люди живуть на Землі і не думають про Бога, про Всесвіт. Злободенні проблеми відсунули на другий план вічні цінності. Чи не означає це, що світ утратив свою духовну ціль і летить у прірву...

Одна з найбільших таємниць роману — біблійний сюжет, який розгортається в уяві Майстра.

Мандрівний філософ Ієшуа Га-Ноцрі, який несхитно вірить в істину про те, що добро врятує світ, зіткнувся в ідейному діалозі з Понтієм Пілатом, могутнім прокуратором Іудеї, якого змальовано самотньою людиною, знесиленою головним болем.

Ім'я Ієшуа є давньоєврейським варіантом імені Ісуса (як і Єршалаїм — давньоєврейська назва Єрусалима). Слово «Єшуа» означає «хай помагає Бог». Отже, Михайло Булгаков у романі стверджує, що кожна людина може іти шляхом Христа, нести у світ моральні істини, жити заради добра.

Співчуття Ієшуа лікує головний біль Понтія Пілата. Вражений поглядами й здібностями філософа, прокуратор хотів би врятувати його, щоб мати цікавого співрозмовника. Але внутрішня свобода Ієшуа, його прагнення до правди і добра виявляються злочинними з погляду єршалаїмських законів, де заборонено вірити у будь-що інше, крім кесаря. Адже будь-яка віра, навіть віра в добро, підриває державний устрій, заснований на владі та насильстві.

На відміну від Біблії, де Понтій Пілат лише затвердив рішення Синедріону (Ради старійшин у Стародавній Іудеї), вся відповідальність за страту Ієшуа в романі Майстра покладається на прокуратора, який малодушно злякався гніву верховної влади. Змальовуючи протистояння всесильного прокуратора і мрійника, який хоче врятувати світ, письменник стверджує вищість влади духовної, істинної над владою земною, що тримається на насильстві й страху.

Також Булгаков відмовляється від ідеї колективної провини. Письменник вважає, що не може бути спільної провини, як не може бути й спільного каяття, тому що світ складається із конкретних людей, які здійснюють ті чи інші вчинки, і кожний особисто несе відповідальність за те, що скоїв.