У романі утверджується ідея високих людських цінностей — добра, справедливості, кохання, волі.

Ієшуа, Майстер і Маргарита втілюють ідею непереможності особистості, яка усвідомила силу своєї творчості та внутрішньої свободи. Їх душі непідвладні ні дияволу, ні земній владі. І це має стати запорукою майбутнього духовного відродження світу.

Важливою темою роману є тема справжнього мистецтва. Головним героєм роману є письменник, який за свій талант і працю одержав від коханої жінки нове ім’я — Майстер. Усупереч ідеологічній кон’юнктурі, він створює роман про вічні істини — про добро і зло, істину і її зневаження, каяття і прощення.

Світло і Тінь у романі утворюють нерозривний філософський образ, що визначає нерозривність злочину і покарання в художньому світі Булгакова. Так, Понтій Пілат, який відступився від істини через страх перед кесарем, прирік себе на вічні муки совісті, перервати які здатне лише прощення Ієшуа.

Одна з провідних тем роману — тема кохання Майстра і Маргарити. Для Булгакова щире кохання є невіддільним від вірності й самопожертви. Усі ці якості властиві Маргариті: заради порятунку коханого вона перетворюється на відьму, мстить його кривдникам, стає королевою на балі у Воланда, повертає Майстра і спалений рукопис роману, стає охоронницею його спокою в їхньому «вічному притулку».

Бог живе в душі людини — один із головних лейтмотивів роману. Майстер і Маргарита залишаються людьми, пройшовши всі випробування, вони зберегли у собі здатність любові й добра, і навіть диявол змушений їх відпустити. Проте Майстер не може думати тільки про себе, про свою волю і щастя. Філософа хвилює життя всього людства. Своєрідним зверненням до всіх людей, що живуть на Землі, став відомий ліричний відступ у фіналі роману. Тут зливаються голоси автора, Майстра та Ієшуа. Це погляд зверху на грішну землю і на страждання людей. Попри глибокий трагізм оповіді, у романі утверджується світла ідея духовної величі людини, її моральних можливостей у боротьбі зі злом.

Останні рядки роману «Майстер і Маргарита» сповнені світлою надією — передчуттям спокою. Спокій для Майстра — винагорода не тільки за страждання, а передусім за пошуки сенсу буття. Спокій для героя означає не лише можливість незалежно жити й творити, це спокій не для себе. Це мрія про гармонію людини та світу, про можливе земне Царство Боже, Царство істини й добра. А гармонія світу має народжуватися з гармонії людської душі.