โรงเรียนเคนเน็ตแม็คเคนซีก่อตั้งขึ้นโดย คณะมิชชันนารีนิกายเพรสไบทีเรียน (Presbyterian) โดยมีประวัติการก่อตั้งจาก ศาสนาจารย์ ดร.นพ.ซามูเอล ซี พีเพิลส์ (เอส.ซี.พีเพิลส์)  ดำริหาที่ดินเพื่อสร้างโรงเรียน ภายหลังจากนั้นอีก 5 ปี จึงได้ซื้อที่ดินจากเจ้าผู้ปกครองนครลำปาง  แล้วสร้างอาคารหลังแรกด้วยไม้ไผ่  มุงด้วยหญ้าคาและใบตอง  ดร.พีเพิลส์ได้รายงานต่อคณะมัชชันนารี  เมื่อ วันที่ 19 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1890 ดังนี้ “We are assumed of the place we requested to and we hereby express our gratitude to God for granting us this success.” แปลเป็นไทยคือ “เราได้รับกรรมสิทธิ์ในที่ดินตามที่ได้ยื่นขอไว้เป็นที่เรียบร้อยแล้ว และในโอกาสนี้ เราขอขอบพระคุณพระเจ้าที่ทรงประทานความสำเร็จนี้ให้แก่เรา” โรงเรียนจึงถือว่าวันนี้ เป็นวันสถาปนาโรงเรียน 

ในปี ค.ศ 1891 - 1908  ศาสนาจารย์ ฮิวจ์ เทเลอร์ และ ภรรยา ได้ดูแลโรงเรียนต่อมา ซึ่งเป็นโรงเรียนชายล้วน โดยการเปลี่ยนแปลงจากอาคารที่สร้างด้วยไม้ไผ่ มาเป็นอาคารที่ถาวรก่อด้วยไม้และอิฐ เนื่องด้วยได้รับการสนับสนุนจาก นางโฮเมอร์ ซี แคมป์แปลล์ ครูผู้สอนโรงเรียนรวีวารศึกษา ในเมืองปอร์ตสแลนด์  มลรัฐโอเรกอน  ประเทศสหรัฐอเมริกาได้รวบรวมเงินจำนวนหนึ่งส่งมายังประเทศไทยเพื่อจัดสร้างอนุสรณ์สถานให้แก่ศิษย์รักของตนเองที่เสียชีวิตลงโดยใช้ชื่อที่มาจาก เด็กชาย เคนเน็ต แม็คเคนซี อาคารใหม่ได้ทำการก่อสร้างในปี 1910  ชื่ออาคารเคนเน็ตแม็คเคนซีอนุสรณ์ (Kenneth MacKenzie Memorial School) ซึ่งในขณะนั้นโรงเรียนยังคงใช้ชื่อว่า “Boy School” และต่อมาจึงได้เปลี่ยนชื่อดังกล่าว 

ภายหลังปี 1911  ภายใต้การดูแลของ ศาสนาจารย์ โฮเวล เอส วิน เซนต์ (D.D.) ท่านได้ทำเป็นโรงเรียนอาชีวะที่เข้มแข็งขึ้น พร้อมกับประกอบการโรงฟอกหนัง ได้เจริญขึ้นเป็นโรงงานใหญ่ ในปี ค.ศ.1915 ศจ.เอส.วินเซนต์ ดี.ดี ได้ขายที่ดินผืน (กิจการโรงฟอกหนัง) นี้ให้ นายน้อย คมสัน  โดยมี  นายอาเธอร์ บี.แมคมูลิน (ค.ศ.1916-1918) เป็นผู้จัดการ กระทั่งปี ค.ศ.1919 เกิดการทำเกษตรกรรมและงานหัตถกรรมในพื้นที่ของโรงเรียน จากผลพลอยได้โรงฟอกหนัง  ในปี ค.ศ.1924-1931   การเกษตรกรรมได้ยุติลง เพราะขาดทุนอุดหนุน และขาดผู้ดำเนินงาน มิสเตอร์แอชเชอร์ บี.เคส เป็นอาจารย์ผู้ควบคุมคนสุดท้ายของโรงเรียน และสิ้นสุดในปี 1937  และเปลี่ยนแปลงผู้บริหารเป็นคนไทย  ในปี 1930 คือ ศาสนาจารย์จันทร์แดง จินดาวงค์  (ครูใหญ่คนแรก) และได้สร้างอาคารหอพักจันทร์แดง  แต่ตำแหน่งผู้จัดการยังคงเป็นมิชชันนารีดำรงตำแหน่ง   ต่อมาหลังจากนั้นมีผู้จัดการและครูใหญ่ซึ่งเป็นคนไทยอีก 2 คน คือ นายดาบโต๊ะ  พูลวิริยะ  และ นายทรงชัย  อินธิวงศ์ เป็นเวลานานพอสมควร

 ครั้งเมื่อเกิดมหาสงครามโลกครั้งที่ 2 ซึ่งในช่วงนั้น ณ วันที่ 8 ธันวาคม ค.ศ. 1941 ทหารญี่ปุ่นบุกเข้าโรงเรียน และกองทัพญี่ปุ่นยึดโรงเรียน และได้ย้ายไปเรียนใต้ถุนวัดศรีรองเมือง  เป็นที่ตั้งของทหารเสนารักษ์  เปลี่ยนชื่อเป็น“โรงเรียนขวัญนครวิทยาลัย” ส่งผลให้โรงเรียนต้องปิดลงเมื่อวันที่  11  มิถุนายน ค.ศ. 1942  ตามคำสั่งของทางราชการ

        เอกสารจากหอจดหมายเหตุ มหาวิทยาลัยพายัพที่ถูกบันทึกว่าโรงเรียนเคยประสบอุทกภัย

ระหว่างปี ค.ศ.1951-1952  โรงเรียนย้ายกลับมาที่เดิมและได้เปลี่ยนชื่อกลับมาเป็น “เคนเน็ตแม็คเคนซี” โดยได้รับการสนับสนุนจากมิชชานารีจำนวน 250,000 บาท จัดสร้างอาคารชั้นเดียวพร้อมบ้านพักครู
ค.ศ.1952  ได้ย้ายกลับมาที่เดิมพร้อมกับอาคารใหม่หลังหนึ่งซึ่งอยู่ในระหว่างการก่อสร้าง  ต่อมา ค.ศ. 1953 โรงเรียนได้รับรองวิทยะฐานะเทียบเท่าโรงเรียนรัฐบาล  ระบบการบริหารจึงได้เปลี่ยนอีกครั้งหนึ่ง เมื่อวันที่ 16 สิงหาคม ค.ศ. 1957 เมื่อคณะอเมริกันเพรสไบทีเรียนมิชชั่นได้สลายตัวเข้ามาสู่สภาคริสตจักรในประเทศไทย ฉะนั้นความเป็นเจ้าของโรงเรียนตามพระราชบัญญัติโรงเรียนราษฎร์จึงเป็นของ มูลนิธิแห่งสภาคริสตจักรในประเทศไทย
ค.ศ. 1958 เริ่มต้นด้วยการสร้างหอพักจันทร์แดง โดยใช้เงินที่เรี่ยไรได้จำนวน 100,000 บาท มิชชันนารี ได้แต่งตั้ง นายแก้วมูล สุขศรีแก้ว ให้ดำรงตำแหน่งผู้จัดการหอพัก และ นายวิริยะ พูลวิริยะ ให้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่
ค.ศ. 1960 คณะมิชชันนารีได้ส่ง นายวิริยะ พูลวิริยะ ไปศึกษาต่อที่ประเทศอเมริกา เพื่อเพิ่มพูนความรู้และทักษะในสายงานของตน
ค.ศ. 1965 ศาสนาจารย์ดวงดี  ทิพย์มาบุตร ถูกเชิญให้ดำรงตำแหน่งศิษยาภิบาลคริสตจักรที่หนึ่งลำปาง ในขณะเดียวกัน นายวิริยะ พูลวิริยะ ก็ได้เข้าดำรงตำแหน่งผู้จัดการและผู้อำนวยการควบคู่กันตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา
มิชชันนารีได้มอบเงินจำนวน 1,000,000 บาทเพื่อสร้างอาคารเรียนสองชั้นและหอประชุม (อาคารเรียนสองชั้นดังกล่าวเป็นส่วนหนึ่งของหอจดหมายเหตุ) นอกจากนี้ยังมีการสร้างอาคาร “ร่มเย็น” และอาคารที่ใช้ในสมัย ดร.บุญมี ทรัพย์จอเพชร ในปี ค.ศ. 1990 ได้ดำเนินการก่อสร้างอาคารวิริยะ พูลวิริยะ เพื่อเป็นอนุสรณ์ให้แก่อาจารย์วิริยะ พูลวิริยะ เป็นอาคาร 4 ชั้นที่ใช้ในการเรียนการสอนปัจจุบัน และอาคารร่มเย็น พร้อมทั้งโบสถ์จอง คยองยอง ที่เคยใช้เป็นอาคารเรียนคอมพิวเตอร์ชั่วคราว
        ค.ศ. 1989 มีการสร้าง อาคารวงศ์พรหมมินทร์ ขึ้นเพื่อรองรับความต้องการด้านการเรียนการสอนและกิจกรรมของโรงเรียน
ในปี ค.ศ. 1990 ในโอกาสครบรอบ 100 ปี อาจารย์วิริยะ พูลวิริยะ ได้เผยความรำลึกถึงยุค “เค็นเน็ตแม็คเค็นซีคืนชีพ” จากเหตุการณ์ในสมัยสงครามโลกครั้งที่ 2 โดยระลึกถึงศิษย์เก่าอย่าง ประยุทธ โกบัง วนชยางค์กูล ผู้ซึ่งเคยถูกเรียกว่า “นักเรียนเชลย” หลังจากที่เค็นเน็ตรุ่นถูกยุบ แต่กลับมาเรียนต่อในชั้น ม.6 ในรุ่นขวัญนครเค็นเน็ต และจัดการแข่งขันฟุตบอลประเพณีเพื่อรำลึกถึงสมัยที่นักเรียนเหล่านั้นได้รับการยกย่องด้วยความภาคภูมิใจ พร้อมทั้งทิ้งสำนวนอมตะไว้ว่า “วิญญาณเคเอ็มเอส เค็นเน็ต ก็ยังเป็น เคเอ็มเอส เค็นเน็ตอยู่เสมอ” ซึ่งเป็นการสะท้อนถึงจิตวิญญาณและคุณค่าของครุศาสตร์ในรอบหนึ่งร้อยปี