Pendidikan merupakan asas kepada pembangunan sesebuah tamadun. Pendidikan yang mempunyai asas yang kukuh dari segi rohani dan jasmani mampu untuk melahirkan individu yang mempunyai intelek dan integriti yang baik bagi membina generasi yang terbilang. Bagi merealisasikan hasrat untuk memperkukuhkan Pendidikan Islam di Negeri Sembilan, sebuah organisasi yang mantap dan sistematik adalah amat diperlukan. 

Terdapat 4 unit yang diwujudkan di bawah Bahagian Pendidikan Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Negeri Sembilan iaitu Unit Pengurusan Pendidikan, Unit Pengurusan Akademik, Unit Pembangunan Insan dan Unit Pengurusan Naziran. Kesemua unit ini ditubuhkan bagi menyelaras, mengurus dan mentadbir hal-hal berkaitan pendidikan Islam di Negeri Sembilan.