En su ecosistema se alberga el 64% de la biodiversidad nacional conocida. Los mecanismos regulados por el ciclo hidrológico concentran en esta cuenca el 30% de los escurrimientos de los ríos de México (147 km 3 /año) y convierten a este enorme hidrosistema ecológico en el almacén de la más alta biodiversidad conocida de México.
La Región Hidrológica de Papaloapan es la segunda más importante de México. Está en el sureste del país abarcando 3 estados (Oaxaca, Puebla y Veracruz). Esta región se compone de 12 cuencas hidrológicas con una superficie de 46 517.40 km². Son tierras fértiles y un clima cálido-húmedo, donde se desarrolla la agricultura, ganadería, pesca y la industria azucarera.
La cuenca del río Pánuco, drena 84596 km2 y forma parte de nueve estados, desde Puebla y el Estado de México , hasta Tamaulipas y Nuevo León. Forma parte del sistema hidrológico conocido como Tula-Moctezuma-Pánuco. Pánuco es el nombre que recibe en su curso bajo, desde Veracruz; desemboca cerca de la ciudad de Tampico.
La Región Hidrológica # 19 Costa Grande de Guerrero, comprende 28 cuencas hidrológicas. La Región Hidrológica # 20 Costa Chica de Guerrero está integrada por 31 cuencas hidrológicas y esta drena hacia el Océano Pacífico. Actualmente existen vedas para otorgar concesiones para el aprovechamiento de aguas superficiales en los ríos de esta región lo que impide el incremento de la producción agrícola, pecuaria, acuícola y pesquera.
La Región Hidrológica # 25 comprende un total de 45 cuencas hidrológicas y está ubicado en los estados de Tamaulipas y Nuevo León. La cuenca abarca 21.183 km², siendo su caudal promedio anual de 2.086 millones de m³. Sus nacientes se localizan en la vertiente este de la Sierra Madre Oriental, resultando de la confluencia del río Purificación y del río Corona. El Río desemboca en el golfo de México, en la Laguna Madre.
La cuenca de Santiago inicia el valle central de Chile, rodeada por la cordillera Chacabuco al norte, la cordillera Costa al oeste, la Angostura de Paine al sur y la cordillera de los Andes al este. Tiene una extensión de 80 km en su eje norte-sur y una anchura media de 35 km. Es una cuenca morfotectónica, llena de sedimentos y las actividades económicas predominantes en la región con relación a su fuerte vinculación con el agua son: la agricultura y los servicios turísticos.
La Cuenca Lerma-Chapala es un embalse natural en México ubicado principalmente en el estado de Jalisco. El lago tiene una capacidad total de aproximadamente 8000 hectómetros cúbicos y un área total de 114,659 hectáreas, de las cuales Jalisco ocupa el 86% y Michoacán el 14%. El aprovechamiento de aguas en la cuenca Lerma-Chapala esta basado principalmente en la irrigación y producción agrícola, utilizando el 82% y el nueve por ciento para el abastecimiento público urbano, pues es considerada la principal fuente de abastecimiento de agua potable para la Zona Metropolitana y también proporciona energía eléctrica a la Ciudad de México.
La Cuenca del Río Balsas es una amplia región de tierras bajas que se ubica entre el Eje Neovolcánico y la Sierra Madre del Sur. Esta depresión ocupa porciones importantes de los estados de Jalisco, Michoacán, México, Guerrero, Morelos, Tlaxcala, Oaxaca y Puebla. El rango de altitud más bajo está entre 300 y 600 metros sobre el nivel del mar.
La cuenca del río Conchos se localiza en la porción sureste del estado de Chihuahua y al norte del estado de Durango. Cuenta con un área aproximada de 74 371.79 km2. El principal escurrimiento natural es el río Conchos, que nace en las faldas de la Sierra Madre Occidental con precipitación proveniente del océano Pacífico. Se abastece de una gran cantidad de escurrimientos continuos durante el periodo de lluvias y, la mayor parte del año, por los tres tributarios: el río Florido, el río San Pedro y el río Chuviscar.
La Cuenca del Río Bravo cubre una superficie total de aproximadamente 455,000 kilómetros cuadrados; poco más de la mitad de esta superficie corresponde a Estados Unidos y la otra parte corresponde a México. Con sus 3,034 km, el río Bravo es el más largo de México y forma la mayor cuenca del país; asimismo es el cuarto río más largo de Estados Unidos y quinto de América del Norte. La cuenca del río Bravo abarca en total ocho estados; tres del lado estadounidense: Colorado, Nuevo México y Texas; y cinco del lado mexicano: Durango, Chihuahua, Coahuila, Nuevo León y Tamaulipas. Además de las ocho entidades federativas, del lado estadounidense se localizan once grupos indígenas conocidos como “pueblos,” los cuales suelen tener derechos preferenciales sobre el agua.