El poblament mes antic del municipi, documentat fins ara, és remota 6000 anys enrere i se situa en el temps del Neolític, concretament a la cultura dels sepulcres de fossa, documentada pel doctor Bosch Impera, en una inhumació localitzada durant les obres de construcció del pont de les arcades. La presència de la cultura ibèrica s'ha localitzat a la població a les restes trobades al voltant del calvari. La romanització encara conserva vestigis a la vil·la romana dels Em portells, situada a prop del riu, al camí de les Sènies, on limiten els termes municipals de Mora de Ebre i Benissa net
. Els àrabs van deixar una forta empremta a la vida local: explotacions agràries (Socarrenc), indústria bladera (molins de nau), artesania del fang... sense oblidar el castell, que formava part de la línia defensiva de l'Ebre. La reconquesta d'aquest va tenir lloc el 1153 de la mà del comte de Barcelona Ramon Berenguer IV. Durant l'Edat Mitjana, la vila va formar part de l'anomenada baronia d'Entenza, la qual va protagonitzar una significativa lluita contra els templers de Miravet i Ascó, els quals dominaven la riba dreta del riu. Aquesta lluita va causar greus danys a la comarca, com també ho van fer les guerres posteriors: la dels Segadors, la de Successió, la del Francès, les carlines i la Guerra Civil espanyola. Altres esdeveniments crucials que van afectar el desenvolupament de Mora i de la seva comarca serien l'expulsió dels moriscs l'any 1610 i la segregació dels Masos de Mora, l'any 1830.