El conjunto de la Aljafería sigue el modelo de palacio omeya del desierto (Siria, Jordania) y se encuentra rodeado por una gruesa muralla de piedra con torres cilíndricas, formando un conjunto trapezoidal. Se trataba, por tanto, de un palacete amurallado pensado para la expansión del monarca y la corte, a imitación de una ciudad en el lugar de una almunia o fortaleza anterior.

Podemos ver en la planta cómo el espacio se distribuye en tres franjas horizontales, primando el espacio central con los salones y el jardín de más importancia.