Conocido por el sobrenombre de Palacio de la Alegría, ha tenido diferentes usos a lo largo de la historia. Desde alcázar islámico hudí a cuartel militar, pasando por palacio de los Reyes Católicos o cárcel en tiempos de la Inquisición. Actualmente y desde finales del siglo XX, es la sede de las Cortes de Aragón, quienes se reúnen en pleno en su interior.
La Torre del Trovador es la edificación más antigua de la Aljafería. Se trata de una torre defensiva que tenía función de vigía. En 1486, con la Inquisición presente, esta torre hizo las veces de prisión.
El Salón Dorado fue utilizado como dormitorio real hasta el siglo XIV. Sus techos, alfarjes en madera, reproducen el firmamento y el cosmos. En el Salón del Trono, llama también la atención el techo, tanto por su tamaño (20 metros de largo y 8 de ancho), como por la cantidad de adornos que tiene.
En el extremo oriental del pórtico de entrada al Salón Dorado, se encuentra una pequeña mezquita u oratorio privado para uso del monarca y sus cortesanos. En el interior del oratorio hay un espacio reducido de planta cuadrada pero con esquinas achaflanadas, que lo convierte en una falsa planta octogonal. En el sector sureste, orientado hacia la Meca, se sitúa el nicho del mihrab. El frontal del mihrab se conforma mediante un arco de herradura muy tradicional, de formas cordobesas y rosca de dovelas alternadas, unas decoradas con relieves vegetales y otras lisas.
El Patio de Santa Isabel es la joya del palacio. Situado en su parte central, a los extremos de sus jardines se alzan pórticos y salones, además de una pequeña mezquita.
El Salón del pleno constituye la sala más importante del palacio en la actualidad, y acoge en su interior a los distintos diputados que componen las Cortes de Aragón.