El plantel "Bernardino de Sahagún", localizado en la alcaldía Xochimilco, se creó en el año 2001 como parte del proyecto educativo del Gobierno del Distrito Federal destinado a satisfacer la demanda de instituciones del nivel medio superior para la población de bajos recursos de la ciudad.

Es uno de los planteles más antiguos del IEMS y, al igual que otros, funcionó primero en instalaciones provisionales: un módulo de autobuses de la extinta Ruta 100 en el pueblo de Santiago Tulyehualco. A pesar de la precariedad del lugar, los estudiantes no dejaron de asistir a clases. Esta situación duró dos semestres.

Es importante destacar que tanto estudiantes como profesores se sintieron atraídos por el nuevo modelo educativo, el cual sobrepasó sus expectativas al estimular su formación crítica, científica y humanística, por lo que la mayor parte de los jóvenes se identificaron con el IEMS casi desde el principio de su ingreso, por la convivencia con sus profesores, la libertad, el espacio y el ambiente colectivo al interior del plantel.