La historia de este plantel comenzó cuando ejidatarios del territorio del Ajusco donaron un terreno utilizado como canchas de fútbol para alojar las instalaciones provisionales de una escuela secundaria. Una vez que ésta fuera reubicada, la entonces delegación Tlalpan ocupó este espacio como oficinas para regularizar asuntos territoriales.

En el año 2001 se derribaron estas oficinas para iniciar la construcción del plantel Tlalpan I del Instituto de Educación Media Superior del Distrito Federal (IEMS).

Debido a que las instalaciones no estaban terminadas, las actividades académicas y administrativas iniciaron en una sede provisional, ubicada en un salón de fiestas aledaño, acondicionado con aulas para las clases, biblioteca, laboratorio de ciencias, salón de computación, oficinas administrativas y cubículos para profesores, donde se impartían las tutorías.

Finalmente, el 4 de julio de 2002, el entonces Jefe de Gobierno del DF, licenciado Andrés Manuel López Obrador, inauguró las instalaciones definitivas del plantel Tlalpan I con el nombre de “Gral. Francisco J. Múgica”.