El plantel “José Ma. Morelos y Pavón” inició sus actividades en agosto de 2001 en aulas prefabricadas ubicadas en un módulo de la Red de Transporte de Pasajeros (RTP) en Xochimilco.
La entonces Secretaria de Desarrollo Social, doctora Raquel Sosa Elízaga, y la Directora fundadora del IEMS, matemática María Guadalupe Lucio Gómez-Maqueo, dieron la bienvenida el primer día de actividades a una generación de 150 estudiantes que, en su mayoría, provenían de otros sistemas educativos a los que habían desertado por diversas problemáticas personales, familiares o académicas y se daban esta última oportunidad antes de integrarse a la fuerza laboral.