Este plantel tiene su origen en el proyecto ejecutivo para la construcción de una escuela secundaria, diseñado por el arquitecto Bulmaro Guzmán y Elizondo durante la administración del entonces Jefe de Gobierno del Distrito Federal, licenciado Andrés Manuel López Obrador.

La construcción del inmueble inició en el año 2005, pero no se concluyó. Tras varios años de abandono, se termina de edificar entre 2016 y 2018, ya como preparatoria administrada por la Secretaría de Educación, Ciencia, Tecnología e Innovación (SECTEI).

Con el nombre de Bachillerato CDMX, plantel Tokio, se publica la primera convocatoria de ingreso el 11 de mayo de 2018. El ciclo escolar inicia en agosto de ese mismo año y en noviembre de 2019 deja de prestar servicios educativos.

A principios del año 2020, el plantel pasa a formar parte del Instituto de Educación Media Superior de la Ciudad de México (IEMS), con la denominación Gustavo A. Madero IV.

La primera convocatoria de ingreso se publica en julio de 2020 y se inicia el ciclo escolar en septiembre del mismo año.