Su historia se remonta al año 2001, cuando de manera provisional se desarrollaron las primeras actividades en el inmueble de la ex Ruta 100 en Cuautepec Barrio Bajo, donde inicialmente compartieron espacio los planteles Gustavo A. Madero I y II. Ahí se habilitaron aulas provisionales, un laboratorio, biblioteca y áreas de fotocopiado, de administración y de coordinación.
La plantilla docente estaba integrada por 22 profesores: 11 para cada plantel, y uno más que impartía clases en ambos. "No había muebles, trabajábamos con lo que teníamos y construimos como pudimos", recuerda el profesor Jorge Andrade, de la Academia de Física. "No fueron años fáciles, pero sí muy satisfactorios. Si bien la construcción de un modelo educativo trae consigo visiones, cambios e innovación, para aquellos profesores ávidos de formar estudiantes desde las humanidades no representó ningún reto".
Para llegar a estos planteles se solicitó a la entonces delegación Gustavo A. Madero el apoyo de transporte: recogía a estudiantes y profesores en la Avenida San Juan de Aragón y Ferrocarril Hidalgo a las 17:00 horas y los regresaba a las 20:00 horas.