Este plantel inició operaciones en el año 2001 en una sede alterna ubicada en la calle San Lorenzo no. 290, col. Del Valle, en condiciones poco favorables. La primera generación estuvo integrada por 150 estudiantes.
Fue el 12 de agosto de 2002 cuando los entonces jefe de Gobierno del Distrito Federal, licenciado Manuel Andrés López Obrador; la directora general del IEMS, matemática María Guadalupe Lucio Gómez Maqueo, y la delegada en Coyoacán, María de Lourdes Rojo e Incháustegui, inauguraron oficialmente las nuevas instalaciones.
Entre los profesores fundadores de este nuevo proyecto educativo podemos nombrar a Beatriz Oropeza Villalobos, en la asignatura de Física; Victoria Tejeda Alarcón, de Computación; Héctor Moreno, de Matemáticas; Raquel Guadalupe Munguía Miranda, de Lengua y Literatura; Gonzalo Villanueva Rangel y Josefina Pantoja Meléndez, ambos de Filosofía, y Víctor Manuel Andrade, de Planeación y Organización del Estudio (POE).
El primer subdirector de Coordinación fue el matemático Emilio Cabrera Castro, quien estuvo en el cargo del 12 de agosto de 2013 al 31 de octubre de 2012. Posteriormente, la licenciada Sandra Elia Jáuregui Robledo se desempeñó en el puesto de noviembre de 2012 a octubre de 2017. Sucesivamente, ocuparon el cargo José Antonio Chávez Esquivel, Saúl Martínez Pavón y, actualmente, Alan Jovanny García García.
El plantel "Ricardo Flores Magón", que lleva el nombre de uno los personajes históricos de la Revolución Mexicana, ha tenido una historia cargada de momentos memorables, como presentaciones de un sinnúmero de actividades artísticas, exposiciones, fiesta de música y color, con las ofrendas del Día de Muertos, ferias de ciencias, recepciones a las nuevas generaciones y ceremonias a los egresados.
Ser sede de uno de los planteles del Instituto de Educación Media Superior (IEMS) siempre será un honor.
