La historia del plantel inició con la recuperación de un inmueble abandonado donde se brindaba atención a jóvenes en situación vulnerable.
En el año 2012, después de un proceso legal, el entonces Gobierno del Distrito Federal comenzó la proyección de instalaciones educativas, las cuales contemplaron aulas en los 4 mil 500 metros cuadrados del predio, donde podrían estudiar hasta tres mil jóvenes atendidos por 120 docentes, en su máxima capacidad.
El plantel fue inaugurado en febrero de 2016 por el entonces Jefe de Gobierno del Distrito Federal, doctor Miguel Ángel Mancera Espinosa, con el nombre de Bachillerato Universitario (BAU) Azcapotzalco.
El 25 de abril de ese año inició el ciclo escolar con una matrícula integrada por 156 jóvenes en seis grupos, quienes, además, participaban en un diplomado en artes, danza, audiovisual y teatro impartido por la Secretaría de Educación del Distrito Federal para complementar la preparación de los alumnos.
A partir de la administración de la Jefa de Gobierno de la Ciudad de México, doctora Claudia Sheinbaum Pardo, el plantel Azcapotzalco II se sumó íntegramente al Instituto de Educación Media Superior (IEMS) para atender a los jóvenes de la alcaldía Azcapotzalco.
