OSIS (Organisasi Siswa Intra Sekolah) adalah organisasi yang berada di dalam lingkungan sekolah dan menjadi wadah bagi siswa untuk mengembangkan keterampilan kepemimpinan, organisasi, serta berbagai aspek non-akademik lainnya. OSIS berperan dalam menyelenggarakan berbagai kegiatan yang mendukung pembelajaran, meningkatkan kreativitas, serta mempererat hubungan antar siswa.

Majelis Permusyawaratan Siswa (MPS) adalah organisasi yang bertugas menyampaikan aspirasi dari setiap Siswa/i MAN Insan Cendekia Gorontalo, mengawasi serta mengevaluasi setiap program kerja yang dijalankan oleh osis. MPS bertanggung jawab dalam memastikan bahwa seluruh kebijakan dan program kerja OSIS berjalan sesuai dengan Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga (AD/ART) serta visi dan misi sekolah.