AMF026/23 Generación de informes reproducibles en estudios biomédicos:
(R-Markdown)
Del 23 de octubre al 26 de noviembre 2023 (39 horas)
Online con las siguientes 5 sesiones webinar:
25 de octubre y 2, 8, 15 y 22 de noviembre. Horario de 16:30h a 18h
Plazo límite de preiscripción: 24 de septiembre de 2023
DIRIGIDO A:
Profesionales del Sistema Aragonés de Salud, y/o a personal investigador del IIS Aragón que desarrolla investigación dentro de un equipo de investigación, que precisen el manejo de este tipo de metodología para el desarrollo de su labor investigadora. (30 plazas)
Criterios de selección
Los criterios de selección serán:
Profesionales del SALUD que pertenezcan a un grupo de investigación.
Profesionales del SALUD que deseen iniciar labor investigadora.
Profesionales adscritos a grupos de investigación del IIS Aragón no incluidos en los dos grupos anteriores que desarrollen investigación clínica y con preferencia de los grupos emergentes.
Orden de Preinscripción.
En la selección, se intentará garantizar que los distintos sectores sanitarios de Aragón tengan representación en la actividad.
PRESENTACIÓN:
“Cada análisis que realizas con un conjunto de datos deberás rehacerlo de 10-15 veces antes de publicarlo” (Trevor Branch). Y es que seguramente te ha pasado más de una vez que debas corregir una base de datos debido a una errata, agregar datos nuevos, revisar los análisis por recomendación de un revisor o porque te ha surgido una duda, porque deseas corregirlo o reutilizarlo para nuevos datos, rehacer figuras y tablas para que sean más legibles, colaborar con colegas en el proceso de análisis, compartir o publicar tu metodología, etc..
Realizar alguno de estos pasos mediante copy & paste del software estadístico al editor de texto, puede resultar además de tedioso, muy peligroso. Por eso es tan importante crear informes dinámicos y reproducibles.
En general, la generación de informes reproducibles en ciencias de la salud fortalece la confianza en la investigación y mejora la calidad de los resultados. Al hacer que los análisis sean más transparentes, accesibles y verificables, se promueve la excelencia científica y se impulsa el avance de la medicina y la atención sanitaria.
OBJETIVOS:
Objetivo general
- El alumno sepa crear un informe reproducible en ciencias de la salud
Objetivos específicos
Crear un primer informe con RMarkdown, incluyendo texto y darle el formato deseado.
Insertar código R en fragmentos ejecutables (chunks) y en línea.
Personalizar el estilo y apariencia del informe.
Exportar los documentos a PDF, HTML, MS Word, presentaciones y tableros de mando.
Aprender a crear informes en lote de manera automática modificando parámetros de entrada.
PROFESORADO:
Rosana Ferrero. Científica de datos y profesora experta de Estadística con R Software en Máxima Formación.
https://www.linkedin.com/in/rosanaferrero
METODOLOGÍA DOCENTE:
El curso, de modalidad mixta, se desarrolla en la plataforma de formación Moodle.
En total el curso se articula en 39 horas, 32 de estudio teórico combinando trabajo individual tutorizado y 7 horas en formato presencial (5 sesiones en directo en formato webinar de 1,5 horas de duración cada una).
Durante la fase asíncrona al alumno dispondrá de contenidos de varios tipos:
Contenido del temario en formato multimedia y en formato “pdf” descargable.
Presentaciones en formato digital con el contenido de cada tema.
Actividades de autoevaluación para afianzar los contenidos.
Tarea a realizar por el alumno, el alumno aplicará los conocimientos adquiridos para completar la tarea que enviará mediante la plataforma.
Foro de debate y resolución de dudas en los que se solicitará a los alumnos que aporten reflexiones sobre el tema tratado o pongan en común sus dudas sobre la materia
Material de lectura complementaria, apartado “para saber más”.
Se seguirá una metodología que favorezca una interacción continuada entre docente y alumno. El docente actuará como guía para facilitar la transferencia de conceptos por parte de los alumnos. Para ello, los ejercicios prácticos se corregirán en un contexto interactivo, facilitando la discusión y el diálogo en lugar de la corrección unidireccional por parte del profesor. El profesor tiene amplia experiencia en formación online, conoce la plataforma moodle y los recursos que dispone dicha plataforma.
PROGRAMA
Tema 1 Investigación reproducible
Introducción al R-Mardown
Crear primer informe con texto
Tema 2 Análisis y visualización
Código R en fragmentos ejecutables (chunks) y en línea.
Resultados, tablas y gráficos.
Tema 3 Metadatos
Estilo y apariencia del informe.
Tema 4 Documentos formato informe
Cómo exportar informe en formato pdf, html MS Word, presentaciones y tableros de mando.
Tema 5 Automatización - Parámetros
Informes en lote
Plazo límite de entrega de tareas 26 de noviembre de 2023
EVALUACIÓN:
Para la obtención del certificado con la acreditación es necesario asistir a 4 de las 5 sesiones webinar en directo y realizar todas las preguntas de autoevaluación y los ejercicios propuestos por el docente en cada módulo.
ACREDITACIÓN:
Actividad solicitada para su acreditación por la Comisión de Formación Continuada de la Profesiones Sanitarias de Aragón.
DIRECCIÓN Y COORDINACIÓN CIENTÍFICA:
Daniel Bordonaba Bosque. Estadístico del Servicio de Apoyo Metodológico y Estadístico del IACS.
Anselmo López Cabañas. Metodólogo del Servicio de Apoyo Metodológico y Estadístico del IACS.
976 71 35 34 | 976 71 42 20
same.iacs@aragon.es
SECRETARÍA:
Tel. 976 71 58 99 Fax. 976 71 46 70
E-mail: formacion.iacs@aragon.es
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