O Projeto Trilhas tem como objetivo primordial avaliar a assistência em saúde mental na Rede de Atenção Psicossocial do país em duas fases, tendo como base três aspectos fundamentais: estrutura, processo e resultados do cuidado. 

A estrutura é definida como a condição estrutural para a assistência, considerando-se recursos físicos e recursos humanos disponíveis na unidade assistencial. Estão incluídos na avaliação da estrutura aspectos relacionados à estrutura física, tais como salas disponíveis para atendimento ou alimentação, e à estrutura da equipe multidisciplinar, como número de profissionais de enfermagem ou psicologia. 

Os processos são definidos como os processos assistenciais e organizacionais pelos quais serão fornecidos os cuidados ao usuário do serviço. No TRILHAS, a avaliação dos processos é composta por elementos relacionados às atividades realizadas na unidade, ao acesso dos usuários, à articulação com a rede intersetorial e ao impacto da pandemia do COVID-19 nas atividades oferecidas.  

Os resultados são definidos como os desfechos resultantes do cuidado no nível do usuário e do sistema de saúde. O projeto avalia os resultados com base na perspectiva do usuário e dos familiares e é feita com instrumentos que avaliam a satisfação do indivíduo, a caracterização sintomática e o nível de funcionalidade.

A primeira fase do projeto utilizará entrevistas com coordenadores dos serviços comunitários especializados habilitados da Rede de Atenção Psicossocial do país. Esta etapa será feita de forma transversal e as entrevistas serão realizadas por meio de videoconferência e/ou telefone. O instrumento aplicado de estrutura e processo foi desenvolvido de forma iterativa pelo grupo de pesquisa e gestores e está dividido em seções que abordam as características da unidade assistencial, atividades diferenciadas oferecidas pelo serviço, acesso dos usuários, descrição e caracterização das atividades, descrição da população, articulação com a rede intersetorial, gestão e educação permanente, pesquisas,  estrutura física e ambiência e equipe. Esta etapa também envolve o registro fotográfico de algumas áreas físicas do serviço, sendo o registro e o envio para o entrevistador feitos pelo coordenador do serviço no momento da entrevista. 

A segunda fase do projeto inclui usuários dos serviços e seus familiares ou responsáveis. Trata-se de estudo transversal com coleta presencial de dados sobre resultados com os usuários e familiares/cuidadores/responsáveis realizada por amostragem, de acordo com o estado e tipo de serviço. 

A seleção dos usuários a serem entrevistados se dará por randomização dos usuários que estarão in loco nos turnos e dias da visita agendada. Serão elegíveis todos os usuários com acompanhamento de pelo menos 30 dias no serviço e serão excluídos participantes considerados impossibilitados, a critério do coordenador e/ou de acordo com a impressão do entrevistador (por exemplo, aqueles em crise psicótica que possa colocar em risco participante ou equipe ou incapacidade completa de comunicação com a equipe da pesquisa). Serão incluídos familiares ou responsáveis que estejam acompanhando os usuários no serviço. No caso do usuário estar desacompanhado, o entrevistador coletará informações de contato de familiares, a fim de realizar a coleta de dados por telefone. Nos Serviços de Residência Terapêutica e nas Unidades de Acolhimento, onde os usuários não estarão acompanhados de familiares, serão realizadas entrevistas presenciais com os cuidadores presentes nos serviços, em substituição aos familiares.

Os usuários e familiares/cuidadores/responsáveis responderão a uma ficha de dados sociodemográficos acompanhados de instrumentos para avaliação da qualidade dos serviços sob a perspectiva do usuário e familiar, assim como instrumentos de caracterização sintomática, de funcionalidade, recovery e satisfação com os serviços da rede.