Satu-satunya wadah organisasi peserta didik di sekolah untuk mencapai tujuan pembinaan dan pengembangan kesiswaan adalah Organisasi Siswa Intra Sekolah disingkat OSIS. OSIS bersifat intrasekolah, artinya tidak ada hubungan organisatoris dengan OSIS di sekolah lain, dan tidak menjadi bagian dari organisasi lain yang ada di luar sekolah. OSIS merupakan wadah organisasi peserta didik di sekolah. Oleh karena itu, setiap peserta didik secara otomatis menjadi anggota OSIS. Keanggotaan itu secara otomatis berakhir dengan keluarnya peserta didik dari sekolah tersebut.
Majelis Perwakilan Kelas atau yang akrab disebut sebagai MPK, merupakan satu-satunya badan berbentuk majelis yang memiliki kuasa legislatif di lingkup sekolah. MPK berfungsi sebagai aspirator bagi siswa, pengawasan, pendanaan, dan evaluator bagi OSIS serta organisasi lain dibawahnya.
Organisasi English Club (ESCS) merupakan wadah bagi siswa-siswi SMAN 1 Purwokerto yang tertarik untuk mengembangkan dan mengasah kemampuan dalam berbahasa Inggris.
Organisasi bagi para siswa yang ingin mengeksplorasi kemampuan di bidang fotografi sehingga mampu mengembangkan bakatnya dan menggunakan talenta tersebut untuk publikasi.
Organisasi Merpati Putih merupakan wadah bagi siswa-siswi SMAN 1 Purwokerto sebagai salah satu Perguruan Pencak Silat Bela diri Tangan Kosong (PPS Betako) dan merupakan salah satu aset budaya bangsa.
Paduan Suara adalah organisasi yang menjadi wadah bagi siswa-siswi SMAN 1 Purwokerto yang memiliki talenta dalam bidang tarik suara.
PMR merupakan organisasi siswa di SMAN 1 Purwokerto yang memiliki keanggotaan sukarela. Anggota PMR SMAN 1 Purwokerto melaksanakan tribakti yaitu berbakti di masyarakat, melaksanakan hidup sehat dan menjalin pershabatan dengan nama organisasi Vampire.
Organisasi siswa-siswi SMAN 1 Purwokerto di bidang baris berbaris menumbuhkan sikap disiplin serta membangun patriotisme dan cinta tanah air.
Gerakan Pramuka mempunyai tugas pokok menyelenggarakan kegiatan Kepramukaan bagi kaum muda guna menumbuhkan para tunas bangsa, agar bisa memiliki sikap cinta tanah air dan bisa menjadi generasi yang lebih baik yang sanggup dan bertanggungjawab mengisi kemerdekaan bersama Ambalan Pandawa- Srikandi.
Eiger adalah organisasi pecinta alam di SMAN 1 Purwokerto yang berdiri sejak tahun 1989. Organisasi ini bergerak dalam bidang kepedulian lingkungan dan melatih jiwa cinta alam.
Smansalens adalah wadah bagi siswa-siswi SMAN 1 Purwokerto yang tertarik dalam bidang sinematografi atau perfilman sejak tahun 2016.
Club of Science & Social Purwokerto van Smansa (COSSTOVA) adalah salah satu organisasi di SMA Negeri 1 Purwokerto yang bergerak dalam bidang keilmuan, wadah untuk mengembangkan jiwa peneliti, kreativitas, ilpeng, mengasah cara berpikir kritis, dan teknologi pada masa kini maupun masa yang akan datang dalam bidang karya ilmiah.
Rohani Islam merupakan organisasi yang mewadahi aktivitas kerohanian siswa Islam dan bertujuan memperdalam atau memperkuat ajaran Islam dengan nama Rohis Ulul Albab.
Organisasi Rohani Katolik merupakan wadah bagi siswa-siswi Katolik di SMAN 1 Purwokerto untuk mengembangkan talenta dan melatih leadership sebagai pemimpin yang jujur dan berintegritas.
Rohkris adalah kepanjangan dari Rohani Kristen yang merupakan sebuah organisasi kerohanian agama kristen yang berada di SMAN 1 Purwokerto sebagai wadah bagi siswa-siswi Kristen di SMAN 1 Purwokerto untuk mengembangkan bakat dan kemampuannya untuk menjadi pemimpin di masa depan.
KAPA NARKOBA Kelompok Aksi Pelajar Anti Narkoba di SMA Negeri 1 Purwokerto, merupakan organisasi yang berdiri sejak tahun 2007. KAPA Narkoba berorientasi pada bidang pencegahan penyalahgunaan narkoba.
Suryakanta adalah organisasi tempat berkumpulnya siswa-siswi yang memiliki minat dan bakat dalam bidang bahasa. Suryakanta menghasilkan berbagai jenis tulisan yang dimuat dalam sebuah karya majalah.