SDN 2 Mangkubumi memiliki program pembiasaan shalat dhuha yang dilaksanakan setiap pagi sebelum jam pertama dimulai. Dengan didampingi oleh guru, peserta didik melakukan shalat duha dan menghapalkan surat pendek Juz 30. Selain shalat duha, pada hari Jum'at juga dilaksanakan pembacaan surat Yaasin. Setelah pembelajaran berakhir, dilaksanakan pula pembiasaan shalat dzuhur berjamaah yang dipimpin oleh guru di sekolah.

Pembisaan ini memberikan dampak positif bagi peserta didik, di mana peserta didik menjadi lebih giat dalam melaksanakan rutinitas ibadah sunnah, membiasakan peserta didik untuk mendirikan shalat tepat waktu, dan mendekatkan peserta didik dengan kitab suci Al-Qur'an.