Ponentes

Carlos Cano

Introducción a la Bioinformática. Retos, oportunidades y perfiles profesionales demandados en el campo

En esta charla, se presenta la Bioinformática como área de investigación multidisciplinar y algunos conceptos clave que serán tratados por el resto de ponentes en estas Jornadas: secuenciación de ADN, Personal Genomics, Epigenetics, Big Data, etc. Se ilustrarán con ejemplos reales algunas de las oportunidades y retos que surgen en estos campos y se iniciará una discusión sobre perfiles profesionales demandados en los mismos.

El Dr. Carlos Cano obtuvo su título de Doctor en Informática por la Universidad de Granada en 2010. Durante 10 años ha desarrollado su labor investigadora y docente en el Departamento de Ciencias de la Computación e I.A. de la UGR en el área de la Biología Computacional, con énfasis en el desarrollo de algoritmos de Aprendizaje Automático para el análisis de datos masivos obtenidos con tecnologías de alto rendimiento en Biomedicina. El Dr. Cano ha impartido más de 5 años de docencia oficial en Ingeniería, Grado y Posgrado en la Universidad de Granada, incluyendo docencia oficial del Grado en Biología y del Máster Universitario Biología Molecular Aplicada a Empresas Biotecnológicas (BioEnterprise) y ha sido co-organizador del curso de posgrado "Data Analysis Workshop for Massive Sequencing Data" (https://sites.google.com/site/secuenciacionmasiva/). Actualmente, el Dr. Cano es profesor sustituto interino en el Departamento de Ciencias de la Computación e I.A. e investigador en Tanglegen SL, spin-off de la Universidad de Granada.

Michael Hackenberg

La Bioinformática en el análisis epigenómico

La metilación del ADN es una marca epigenética implicada en la regulación de la expresión génica y la estabilidad del genoma. El grupo de Epigenómica Computacional de la Universidad de Granada lleva más de una década investigando diferentes aspectos de este fenómeno desarrollando herramientas y bases de datos para su análisis. En esta charla se va a trazar el análisis bioinformático empezando con la detección de islas CpG en el genoma hasta el análisis de datos de secuenciación masiva para la detección de los estados de metilación.

Licenciado en física y doctor por la Universidad de Granada. Actualmente es Profesor Contratado Doctor en el departamento de Genética de la UGR y miembro del grupo ‘Computational Epigenomics’ (http://bioinfo2.ugr.es). Lleva más de 10 años impartiendo asignaturas con un profundo enfoque computacional como la Biocomputación y Genómica (Grado en Bioquímica), el Análisis de secuencias y la Genómica funcional (Master en Genética y Evolución) y la Bioinformática (Master en Biotecnología). En los últimos años su investigación gira en torno al análisis de datos de secuenciación masiva de ARN pequeños y de la metilación del ADN desarrollando herramientas altamente usadas por la comunidad científica como miRanalyzer y NGSmethDB. Recientemente coeditó un libro sobre este tema que fue publicado en Springer “Bioinformatics for High Throughput Sequencing”.

María del Mar Abad

Perfil genético en enfermedades complejas: ¿mito o realidad?

En la ponencia presentará la temática del perfil genético en enfermedades complejas. Dentro del proyecto del Genoma Humano, en 2003 se terminó la secuenciación del primer homo sapiens. Este proyecto depositó grandes expectativas en la posibilidad de obtener perfiles genéticos de disponibilidad a enfermedades complejas. Sin embargo, en la actualidad, a punto de cumplirse los 15 años de este acontecimiento, estas expectativas no paran de disiparse tras ir acumulándose fracaso tras fracaso en los proyectos de investigación destinados a este objetivo. Se hace aquí un recorrido por los numerosos intentos fracasados y se termina exponiendo unos resultados preliminares obtenidos en esclerosis múltiple que mantienen abierta una puerta para la esperanza.

María del Mar Abad Grau se doctoró en 2002 en Informática por la Universidad de Murcia. Realizó un postdoctorado en Bioinformática en las universidades de Massachusetts y de Boston como becaria Fulbright. En la actualidad es profesora en el departamento de Lenguajes y Sistemas Informáticos de la Universidad de Granada. Su principal línea de investigación es la aplicación de técnicas de aprendizaje automático en la detección de patrones a partir de estudios biológicos masivos.

David Landeira

De la biomedicina a la bioinformática a través del epigenoma

En esta presentación se trata sobre la combinación de la biología molecular tradicional con la genómica y la bioinformática para estudiar las células madre y las enfermedades humanas.

David Landeira recibió el título en Biología por la Universidad de Sevilla en 2001 y realizó el doctorado (2003-2008) en el "Instituto de parasitología y biomedicina López-Neyra (CSIC)" en Granada donde estudió la epigenética y la arquitectura nuclear de monoalélicos Expresión en eucariotas.

En sus estudios postdoctorales (2008-2014) en el "Centro de Ciencias Clínicas (Consejo de Investigación Médica / Imperial College)" en Londres trabajó en la función de complejos de polycomb, proteínas Tet y ciclo celular en pluripotencia y reprogramación nuclear.

En 2014 obtuvo la beca "Ramon y Cajal" para ingresar al "Departamento de Bioquímica y Biología Molecular II" de la Universidad de Granada y es responsable de "Epigenética en Células Madre y Laboratorio de Cáncer" en el "Centro de Genómica y Investigación Oncológica GENYO" (financiado por la Universidad de Granada, Junta de Andalucía y Pfizer) en Granada. Combina la biología molecular tradicional con la genómica y la bioinformática para estudiar las células madre y las enfermedades humanas.

Pedro Carmona

Bioinformática y medicina de precisión

La ponencia se centrará en la investigación biomédica, la cual ha sufrido una enorme revolución desde la aparición de las tecnologías denominadas –omicas. Estas nuevas técnicas generan cantidades masivas de datos y para su procesamiento y análisis se hace indispensable el desarrollo de técnicas avanzadas de minería de datos y Big Data. En esta charla se presentará una visión general de los principales retos a los que se enfrenta la bioinformática en el campo de las –omicas y la medicina de precisión y algunas de las soluciones y algoritmos desarrollados en la Unidad de Bioinformática de GENyO.

Estudió Biología Molecular en la Universidad Autónoma de Madrid, donde también realizó el doctorado en el desarrollo de algoritmos de minería de datos para el análisis de datos genómicos en la unidad de Biocomputación del Centro Nacional de Biotecnología. Durante este periodo, realizó diversas estancias en el Institute for Information Technology (Otawa) y el Broad Institute (Cambridge).

Desde entonces ha trabajado tanto en entornos académicos como empresariales, siendo consultor de bioinformática para varias compañías y director de I+D de Integromics, una spin-off dedicada al desarrollo de software en bioinformática.

En la actualidad es responsable de la Unidad de Bioinformática en GENyO, donde centra sus líneas de trabajo en el desarrollo y aplicación de técnicas de minería de datos y Big Data para la extracción de información a partir de datos -omicos.

Eduardo Pareja

Era7 bioinformatics, bioinformática y multidisciplinaridad

En 2017 la revolución de la genómica, medicina personalizada, microbioma, etc. demanda expertos en Big Data genómico que aporten su talento a equipos multidisciplinares capaces de afrontar los retos de la biomedicina del siglo XXI . En la charla se discutirá la aproximación de una pyme granadina que opera en Massachusetts desde 2012

Emprendedor en el Big Data aplicado a la Genómica Bacteriana y la revolución del Microbioma. Doctor en Medicina por la Universidad de Córdoba.

Desde 1985 desarrolla programas bioinformáticos para análisis de secuencias de ADN y proteínas. Ha dirigido la Unidad de Inmunología de Transplante en el Hospital Universitario Virgen de las Nieves (HUVN) de Granada. Ha sido también profesor de Bioquímica en la Universidad de Córdoba. En 2005 funda Era7 Bioinformatics, empresa líder en Bioinformática de NGS en España, donde es CEO y Consejero Delegado. En 2012 puso en marcha una empresa subsidiaria en Cambridge, USA (Era7 bioinformatics INC) focalizada en "Bacterial Genomics" y en la Revolución del Microbioma. En 2016 fue invitado a la Casa Blanca al lanzamiento de la Iniciativa Nacional del Microbioma de la administración Obama.

Juan Elvira

Bioinformática, mapa de oportunidades en la industria

En esta ponencia, a través de su experiencia en los distintos proyectos de los que ha formado parte, ofrecerá su visión sobre las distintas oportunidades profesionales y roles alrededor de la bioinformática "industrial". Teniendo como objetivo último dar algunas claves sobre las habilidades a desarrollar y los distintos tipos de roles que esta industria demanda.

Ingeniero en Electrónica y DEA en Tecnologías Multimedia, UGR.

Durante más de quince años ha desarrollado su actividad profesional alrededor del mundo del software. Inicialmente en el campo de aplicaciones multimedia (Ericsson I+D) y durante los últimos diez años desarrollando software de análisis y visualización de datos para genómica, proteómica, high content screening y medicina translacional (Integromics y PerkinElemer). Actualmente lidera el equipo de I+D de informática de PerkinElmer en Europa.

Coordinador: Jesús Alcalá Fernández (jalcala@decsai.ugr.es)

Jornadas organizadas dentro del Plan FIDO-UGR 2016-2018 (Cod. 16-12)