中立結局是當玩家既沒有走進屠殺路線，也沒有走進完美路線時會遭遇的結局。只要不要殺掉全部的怪物，並且也不要進入真正的實驗室，就可以進入中立結局。
中立結局有很多版本，全部的結局都包括Sans會打電話給主角，留訊告訴主角地下世界的命運。不過，電話的內容取決於主角在整個遊戲過程中的行為舉止。
在所有的中立結局中，Alphys都會說主角必須要殺掉Asgore並取走他的靈魂，因為單一人類靈魂無法通過屏障。以下結果在所有中立結局中都相同：
Asgore被殺死（被主角或flowey）
flowey被擊敗
六個人類靈魂不見蹤影
怪物依然被屏障困在地下世界，而主角離開了地下世界。
在短暫版的開發人員名單後，Sans會打給主角的手機，留訊息給他。