花蓮女中體育課程依據學生各學習階段的發展需求，並參照健體領域課程綱要進行整體規劃。課程設計採循序漸進原則，兼顧多元性與深度，內容涵蓋體適能養成、基本運動技能、競技性運動項目以及團隊合作能力等面向，致力於培養學生全人發展與終身運動的素養。
本校因班級數相對精簡，場地資源分配較為充裕，得以彈性規劃多樣化的教學活動。為使學生對各類運動項目能有更完整與深入的學習體驗，體育課程採「一學年二至三項主要運動」的設計，以連續授課方式進行全面性學習，並輔以一至兩項運動會競賽項目之訓練與實作，提升學生在運動會的參與度與表現經驗。此外，本校自日據時期即設有游泳池，延續傳統並重視水域安全教育，每學期均安排游泳教學，讓學生具備基本水中自救與游泳技能。
高一課程著重於學生基本運動能力的建立與體能基礎的養成，內容包含基礎游泳與自救能力、拔河、田徑短跑與接力、跳高等核心體育項目，並分別搭配陣地攻守型運動中的籃球，以及網牆性運動中的排球，藉此奠定多元運動參與的能力基礎。
高二階段的課程著重於進一步提升學生的運動技巧與策略思維，內容涵蓋進階游泳與自救能力、表現型運動的舞蹈、網牆性運動的羽球（單打與雙打），以及跑陣得分型運動的棒壘球。考量高二學生剛歷經分組分班的轉變，課程中特別融入啦啦隊作為舞蹈教學主軸，並於運動會期間辦理班級啦啦隊比賽。
啦啦隊活動不僅是體育課程的一部分，更是花蓮女中深具傳統與象徵意義的校園文化。關於啦啦隊何時被正式納入課程、最初出現於校園的年代，已難以考證。許多年逾六、七十歲的老校友在回憶青春歲月時，都表示無法細數當年的校園細節，一提到「啦啦隊」，卻一致認為是她們共同而鮮明的青春印記。
體育組延續這項跨越世代的傳統，並結合教育部推動的「社會情緒學習（Social and Emotional Learning, SEL）」核心議題，於課程中強調自我覺察、同理理解、情緒調節、團隊合作與負責任的決策等能力。透過啦啦隊的創編與展演過程，學生學習身體表達與團隊協作之外，更在互相支持與共同完成表演的歷程中，培養自信、韌性與情感連結，實踐社會情緒學習的核心精神。
透過啦啦隊的分組合作與創作歷程，學生在舞蹈動作的協調與表現中學習相互傾聽與支持，在挑戰與壓力下練習情緒管理，並透過團隊共創與舞台展演，深化對他人情感的理解與尊重。這樣的課程設計不僅強化學生的社會情緒素養，也促進班級凝聚力與正向互動，為迎接後續更高強度的課業挑戰與升學壓力做好心理與社會層面的準備。
進入高三階段，考量學生即將面對學測帶來的壓力，上學期課程特別規劃了進階游泳與自救能力訓練、體適能養成，以及屬於陣地攻守型運動的足球課程。課程設計強調「中等至劇烈程度身體活動（moderate-to-vigorous physical activity, MVPA）」的參與，透過從水上活動到球場運動的多樣化體驗，讓學生在穩定心志的同時，維持良好的身體素質與耐力表現。這樣的課程安排不僅有助於持續培養體適能與健康生活習慣，更能透過規律運動有效紓解備考壓力，促進身心平衡，為迎接人生下一階段的挑戰奠定良好基礎。
下學期進入個人申請的重要階段，課程設計則以網牆性運動—桌球為主軸，讓學生在輕鬆專注的環境中培養迅速反應的運動技能與策略思維，進一步強化動作表現與比賽實作經驗。此外，於高三畢業考後更提供多元興趣分組課程，鼓勵學生依據自身興趣與需求自主選課，實踐生涯探索與健康促進的課程目標。