本系成立於民國54年,原名為「公共工程科」,57年分為「土木工程組」及「建築工程組」,71年獨立為「土木工程科」,招收日間部五專及進修部二專的學生。89年學校改制為技術學院,系名改為「土木工程系」,並招收日間部二技。90年停招日間部五專,並招收進修部二技,91年進修部二專停招,92年完全改招二技與四技學生,93年成立「土木與防災應用科技研究所」,94年學校改名為中國科技大學,99年系所改名為「土木與防災設計系」及「土木與防災設計研究所」完成「系所合一」,於109學年度再因應產業變遷調整改名為「土木與防災系」。六十餘年來培育許多土木工程與防災設計人才,分別在政府及私人機構服務,校友表現深獲好評,對國家經濟發展有重要的貢獻。
本系自96學年起參加社團法人中華工程教育學會IEET-EAC認證,自102學年起為配合技職體系特色及系所永續發展,改以TAC為認證規範,同時本系將全部部制納入認證範疇(含日間部四技、碩士班,進修部四技、二技、碩士在職專班)。於112年3月1日以中工教字第1120000097號函通知本校本系日間部、進修部及碩士班通過認證TAC-2019,認證有效期限6年(2022年8月1日至2028年7月31日),辦學成效卓著。
中國科技大學土木與防災系為北部地區具指標性的科技大學土木系所,融合「土木工程」專業核心,結合「防災科技應用」與「BIM數位建築」等特色領域,致力培育兼具實作能力、科技視野與國際競爭力的未來工程人才。
本系已通過 IEET 工程教育認證,課程內容涵蓋結構、大地、施工管理、消防與防災安全等多元領域,並設有碩士班、進修部與企業實習合作計畫,提供完整升學與就業銜接機制,是學生邁向技師、公職體系及國際營建產業的最佳跳板。