本案由參與高雄衛武營文化中心、赤崁文化園區改造工程案設計的侯慶謀建築師操刀，與自然合一的綠建築新校舍，以符合生態實驗小學的教育理念。

由詹益寧建築師規劃設計監造，坐北朝南二層樓建築。目前一樓為臨時辦公室、一至三年級教室、健康中心。二樓為圖書室、視聽教室及廁所。

由三座獨立別墅型建築所構成，目前為四到六年級教室。內有獨立衛浴設備與木質地板，除一般教學外，可供遊學住宿使用。