El CPR Valle de San Juan se encuentra inmerso en diferentes programas y planes para mejorar el proceso de enseñanza-aprendizaje del alumnado, haciendo hincapié en la transversalidad como eje potenciador del aprendizaje. Así el centro presenta los siguientes planes:
PLAN DE TRANSFORMACIÓN DIGITAL 24/25
PROGRAMA DE LECTURA
PLAN DE AUTOPROTECCIÓN
CIMA