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研究テーマ
研究テーマ
イオノミクスを介したフィールド環境における植物成長制御ネットワークの解明、植物成長予測、ならびに植物栄養診断技術の開発を行っています。
イオノミクスを介したフィールド環境における植物成長制御ネットワークの解明、植物成長予測、ならびに植物栄養診断技術の開発を行っています。
講義資料 (大森担当分)
講義資料 (大森担当分)
2023 年 イオノーム情報を利用した機械学習(分類)
2022 年 イオノーム情報を利用した機械学習(分類)
2021 年 イオノーム情報を利用した機械学習(分類)
2020 年 イオノームを用いた機械学習
2019 年 イオノーム情報を用いた機械学習 (分類)
その他の講義資料
その他の講義資料
2023 年 データサイエンス講習会 (R5年度)
2023 年 データサイエンス講習会 (R4年度)
2022 年 データサイエンス講習会 (R3年度)
2021 年 データサイエンス講習会 (R2年度) *本講習会は、2019年2月に、経済産業省の委託事業として実施した『「産業界横断的なバイオ分野データサイエンス関連人材」のスキル標準の策定及びそれらの育成プログラムの開発/実証』バイオインフォマティクス講習会の後継として実施したものです。URL: https://www.learning-innovation.go.jp/verify/c0037/ dai1, dai2, dai3 と３つのフォルダがあります。dai1 ：igraph によるネットワーク解析とネットワークの可視化 dai2: WGCNA による遺伝子ネットワーク解析 dai3: Rmarkdown を使った R でのレポート作成 の資料になっています。
R5 年度データサイエンス講習会の課題として R で作った web アプリケーションです。
csv ファイルを読み込んで、ヒストグラム、散布図、箱ひげ図を作成できます。
略歴
略歴
1998 年 3 月 兵庫県立西宮南高等学校 卒業
1998 年 4 月 近畿大学 生物理工学部 生物工学科 入学
2002 年 3 月 近畿大学 生物理工学部 生物工学科 卒業
2002 年 4 月 近畿大学 大学院生物理工学研究科 生物工学専攻 (博士前期課程) 入学
植物資源工学研究室 (加藤 恒夫 教授)
2004 年 3 月 近畿大学 大学院生物理工学研究科 生物工学専攻 (博士前期課程) 修了
修士 (工学) (近畿大学)
2004 年 4 月 京都府立医科大学 大学院医学研究科 プロジェクト研究員
解剖学研究室 (横山 尚彦 教授)
2005 年 4 月 東京大学 大学院理学系研究科 生物科学専攻 (博士課程) 入学
進化遺伝学研究室 (平野 博之 教授)
2009 年 3 月 東京大学 大学院理学系研究科 生物科学専攻 (博士課程) 修了
博士（理学）（東京大学）の学位取得
2009 年 4 月 東京大学 大学院理学系研究科 特任研究員
進化遺伝学研究室 (平野 博之 教授)
2012 年 4 月 東京大学 大学院農学生命科学研究科 特任研究員
植物栄養・肥料学研究室 (藤原 徹 教授)
2013 年 4 月 東京大学 大学院農学生命科学研究科
日本学術振興会特別研究員 (PD), 植物栄養・肥料学研究室 (藤原 徹 教授)
King Abdullah University of Science & Technology (KAUST) Computational Bioscience Research Center に留学 (五條堀 孝 教授, 峯田 克彦 主任研究員)
2016 年 4 月 東京大学 大学院農学生命科学研究科 特任助教
植物栄養・肥料学研究室 (藤原 徹 教授)
2018 年 8 月 東京大学 大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット
特任准教授 (フィールドインフォマティクス分野)
2020 年 4 月 東京大学 大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット
准教授 (フィールドインフォマティクス分野)
原著論文
原著論文
1. Mafumi Abiko, Yoshihiro Ohmori, and Hiro-Yuki Hirano (2008)
Genome-wide expression profiling and identification of genes under the control of the DROOPING LEAF gene during midrib development in rice.
Genes and Genetic Systems, 83: 237-244.
2. Yoshihiro Ohmori, Mafumi Abiko, Akira Horibata, and Hiro-Yuki Hirano (2008)
A transposon, Ping, is integrated into intron 4 of the DROOPING LEAF gene of rice, weakly reducing its expression, and causing a mild drooping leaf phenotype.
Plant and Cell Physiology, 49: 1176-1184.
3. Motokazu Ishikawa*, Yoshihiro Ohmori*, Wakana Tanaka, Chizuru Hirabayashi, Koji Murai, Yasunari Ogihara,Takahiro Yamaguchi, and Hiro-Yuki Hirano (2009)
Spatial expression patterns of DROOPING LEAF orthologs suggests their conserved function involved in carpel specification and midrib formation in maize, wheat and sorghum.
*These authors are contributed equally to this study.
Genes and Genetic Systems, 84: 137-146.
4. Wakana Tanaka, Akane Ohtsubo, Yoshihiro Ohmori, and Hiro-Yuki Hirano (2010)
Identification of the conserved region in intron 1 of the DROOPING LEAF genes among the species in the grass familyConserved intron1 is likely to be involved in regulating expression of DROOPING LEAF genes in the grass family.
Rice Genetics Newsletter, 25: 78-79.
5. Taiyo Toriba, Takuya Suzaki,, Takahiro Yamaguchi, Yoshihiro Ohmori, Hirokazu Tsukaya, and Hiro-Yuki Hirano (2010)
Distinct regulation of adaxial-abaxial polarity in anther patterning in rRice.
The Plant Cell, 22: 1452-1462.
6. Yoshihiro Ohmori, Taiyo Toriba, Hidemitsu Nakamura, Hiroaki Ichikawa, and Hiro-Yuki Hirano (2011)
Temporal and spatial regulation of DROOPING LEAF gene expression that promotes midrib formation in rice.
Plant Journal, 65: 77-86.
7. Taiyo Toriba, Yoshihiro Ohmori, and Hiro-Yuki Hirano (2011)
Common and distinct mechanisms underlying the establishment of adaxial and abaxial polarity in stamen and leaf development.
Plant Signaling and Behavior, 6: 430-433.
8. Akiko Yoshida, Yoshihiro Ohmori, Hidemi Kitano, Fumio Taguchi-Siobara, and Hiro-Yuki Hirano (2012)
ABERRANT SPIKELET AND PANICLE1, encoding a TOPLESS-related transcriptional co-repressor, is involved in the regulation of meristem fate in rice.
Plant Journal, 70: 327-339.
9. Tanaka Wakana, Taiyo Toriba, Yoshihiro Ohmori, Akiko Yoshida, Arata Kawai, Tomoko Mayama-Tsuchida, Hiroaki ichikawa, Nobutaka Mituda, Masaru Ohme-Takagi, and Hiro-Yuki Hirano (2012)
The YABBY gene TONGARI-BOUSHI is involved in lateral organ development and maintenance of meristem organization in the rice spikelet.
The Plant Cell, 24:80-95.
10. Tanaka Wakana, Toriba Taiyo, Yoshihiro Ohmori, and Hiro-Yuki Hirano (2012)
Formation of two florets within a single spikeletapikelet in the rice tongari-boushi1 mutant.
Plant Signaling and Behavior, 7: 793-795.
11. Ken-Ichiro Hibara, Wataru Hosoki, Tsuneo Hakoyama, Yoshihiro Ohmori, Toru Fujiwara, Jun-Ichi Itoh, and Yasuo Nagato (2013)
ABNORMAL SHOOT IN YOUTH, a homolog of molybdate transporter gene, regulates early shoot development in rice.
American Journal of Plant Sciences, 4: 1-9.
12. Yoshihiro Ohmori, Wakana Tanaka, Mikiko Kojima, Hitoshi Sakakibara, and Hiro-Yuki Hirano (2013)
WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX4 is involved in meristem maintenance and is negatively regulated by the CLE gene FCP1 in rice.
The Plant Cell, 25: 229-241.
13. Yoshihiro Ohmori, Yayoi Inui, Masataka Kajikawa, Atsumi Nakata, Naoyuki Sotta, Koji Kasai, Shimpei Uraguchi, Nobuhiro Tanaka, Sho Nishida, Takahiro Hasegawa,Takuya Sakamoto, Yuko Kawara, Kayoko Aizawa, Haruka Fujita, Ke Li, Naoya Sawaki, Koshiro Oda, Ryuichiro Futagoishi, Nobuhiro Tsusaka, Satomi Takahashi, Junpei Takano, Shinji Wakuta, Akira Yoshinari, Masataka Uehara, Shigeki Takada, Hayato Nagano, Kyoko Miwa, Izumi Aibara, Takuya Ojima, Kaoru Ebana, Satoru Ishikawa, Kuni Sueyoshi, Hiroshi Hasegawa, Tetsuro Mimura, Mari Mimura, Natsuko I. Kobayashi, Jun Furukawa, Daisuke Kobayashi, Toshiyasu Okochi, Keitaro Tanoi, and Toru Fujiwara (2014)
Difference in cesium accumulation among rice cultivars grown in the paddy field in Fukushima prefecture in 2011 and 2012.
Journal of Plant Research, 127: 57-66.
14. Yoshihiro Ohmori, Masataka Kajikawa, Sho Nishida, Nobuhiro Tanaka, Natsuko I. Kobayashi, Keitaro Tanoi, Jun Furukawa, and Toru Fujiwara (2014)
The effect of fertilization on cesium concentration of rice grown in a paddy field in Fukushima prefecture in 2011 and 2012.
Journal of Plant Research, 127: 67-71.
15. Iftikhar Ahmed, Kenshiro Oshima, Wataru Suda, Keiko Kitamura, Toshiya Iida, Yoshihiro Ohmori, Toru Fujiwara, Masahira Hattori, and Moriya Ohkuma (2014)
Draft genome sequence of boron-tolerant and moderately halo-tolerant bacterium gracilibacillus boraciitolerans JCM 21714T.
Genome Announcements, 2: e00097-14.
16. Yoshihiro Kobae, Rie Tomioka, Keitaro Tanoi, Natsuko I. Kobayashi, Yoshihiro Ohmori, Sho Nishida, and Toru Fujiwara (2014)
Selective induction of putative iron transporters, OPT8a and OPT8b, in maize by mycorrhizal colonization.
Soil Science and Plant Nutrition, 60: 843-847.
17. Dai-Suke Sato, Yoshihiro Ohmori, Haruka Nagashima, Taiyo Toriba, and Hiro-Yuki Hirano (2014)
A role for TRAIANGULAR HULL1 in fine-tuning spikelet morphogenesis in rice.
Genes and Genetic Systems, 89: 61-69.
18. Yoshihiro Ohmori, Yukiko Yasui, and Hiro-Yuki Hirano (2014)
Overexpression analysis suggests that FON2-LIKE CLE PROTEIN1 is involved in rice leaf development.
Genes and Genetic Systems, 89: 87-92.
19. Wakana Tanaka, Yoshihiro Ohmori, Tomokazu Ushijima, Hiroaki Matsusaka, Tomonao Matsushita, Toshihiro Kumamaru, Shigetuki Kawano, and Hiro-Yuki Hirano (2015)
Axillary meristem formation in rice requires the WUSCHEL ortholog TILLERS ABSENT1.
The Plant Cell, 27 (4): 1173-1184.
20. Yoshihiro Kobae, Yoshihiro Ohmori, Chieko Saito, Koji Yano, Ryo Ohtomo, and Toru Fujiwara (2016)
Phosphate treatment strongly inhibits new arbuscule development but not the maintenance of arbuscule in mycorrhizal rice roots.
Plant Physiology, 171 (1): 566-579.
21. Yoshihiro Ohmori, Naoyuki sotta, and Toru Fujiwara (2016)
Identification of introgression lines of Oryza glaberrima Steud. with high mineral content in grains.
Soil Science and Plant Nutrition, 62: 456-4464.
22. Baolu Yang, Yuichi Onda, Yoshihiro Ohmori, Hitoshi Sekimoto, Toru Fujiwara, Yoshifumi Wakiyama, Kazuya Yoshimura, Junko Takahashi, Xinchao Sun (2017)
Effect of topsoil removal and selective countermeasures on radiocesium accumulation in rice plants in Fukushima paddy field.
Science of the Total Environment, 603–604: 49–56.
23. Yukiko Yasui, Yoshihiro Ohmori, Yumiko Takebayashi, Hitoshi Sakakibara, Hiro-Yuki Hirano (2018)
WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX4 acts as a key regulator in early leaf development in rice.
PLoS Genetics, 14 (4): e1007365.
24. Tanaka N,Uraguchi S,Kajikawa M,Saito A,Ohmori Y,Fujiwara T (2018)
A rice PHD-finger protein OsTITANIA, is a growth regulator that functions through elevating expression of transporter genes for multiple metals.
The Plant journal 96(5) 997-1006.
25. Kiyoshi Yamazaki,Yoshihiro Ohmori,Toru Fujiwara (2020)
A Positive Tropism of Rice Roots toward a Nutrient Source.
Plant & cell physiology 61(3) 546-553.
26. Fumika Clara Kubo,Yukiko Yasui,Yoshihiro Ohmori,Toshihiro Kumamaru,Wakana Tanaka,Hiro-Yuki Hirano (2020)
DWARF WITH SLENDER LEAF1 Encoding a Histone Deacetylase Plays Diverse Roles in Rice Development.
Plant & cell physiology 61(3) 457-469.
27. Hikari Matsumoto,Yukiko Yasui,Yoshihiro Ohmori,Wakana Tanaka,Tetsuya Ishikawa,Hisataka Numa,Kenta Shirasawa,Yojiro Taniguchi,Junichi Tanaka,Yasuhiro Suzuki,Hiro‐Yuki Hirano (2020)
CURLED LATER1 encoding the largest subunit of the Elongator complex has a unique role in leaf development and meristem function in rice
The Plant Journal doi: https://doi.org/10.1111/tpj.14925
28. Growth and nitrate reductase activity are impaired in rice osnlp4 mutantssupplied with nitrate.
Mengyao Wang, Takahiro Hasegawa, Marcel Beier, Makoto Hayashi, Yoshihiro Ohmori, Kenji Yano, Shota Teramoto, Takehiro Kamiya, Toru Fujiwara
Plant & cell physiology 62(7) 1156-1167 2021年3月6日
Yusuke Toda, Goshi Sasaki, Yoshihiro Ohmori, Yuji Yamasaki, Hirokazu Takahashi, Hideki Takanashi, Mai Tsuda, Hiromi Kajiya-Kanegae, Raul Lopez-Lozano, Hisashi Tsujimoto …
Frontiers in plant science 13 828864-828864 2022年
Bright G Adu, Aizelle Y S Argete, Sakiko Egawa, Astushi J Nagano, Akifumi Shimizu, Yoshihiro Ohmori, Toru Fujiwara
Plant & cell physiology 2022年7月5日
31. Time-series multispectral imaging in soybean for improving biomass and genomic prediction accuracy.
Kengo Sakurai, Yusuke Toda, Hiromi Kajiya-Kanegae, Yoshihiro Ohmori, Yuji Yamasaki, Hirokazu Takahashi, Hideki Takanashi, Mai Tsuda, Hisashi Tsujimoto, Akito Kaga …
The plant genome 15(4) e20244 2022年8月22日
Kengo Sakurai, Yusuke Toda, Kosuke Hamazaki, Yoshihiro Ohmori, Yuji Yamasaki, Hirokazu Takahashi, Hideki Takanashi, Mai Tsuda, Hisashi Tsujimoto, Akito Kaga …
2023年4月6日
Kengo Sakurai, Yusuke Toda, Kosuke Hamazaki, Yoshihiro Ohmori, Yuji Yamasaki, Hirokazu Takahashi, Hideki Takanashi, Mai Tsuda, Hisashi Tsujimoto, Akito Kaga …
Frontiers in Plant Science 14 2023年7月5日
34. Reaction norm for genomic prediction of plant growth: modeling drought stress response in soybean
Yusuke Toda, Goshi Sasaki, Yoshihiro Ohmori, Yuji Yamasaki, Hirokazu Takahashi, Hideki Takanashi, Mai Tsuda, Hiromi Kajiya-Kanegae, Hisashi Tsujimoto, Akito Kaga …
2023年8月31日
35. OsbZIP1 regulates phosphorus uptake and nitrogen utilization, contributing to improved yield
Nobuhiro Tanaka, Saki Yoshida, Md. Saiful Islam, Kiyoshi Yamazaki, Toru Fujiwara, Yoshihiro Ohmori
The Plant Journal 2024年1月11日
総説・解説記事・翻訳など
総説・解説記事・翻訳など
著書
1. 大森良弘, 田中伸裕, 藤原徹
福島県の水田で栽培された水稲の放射性セシウム濃度に対する施肥の影響
Journal of Plant Research 127 巻 1 号 JPR Symposium “Current status and future control of cesium concentration in plants and algae in Fukushima” 日本語抄訳集「福島における植物と藻類の放射性セシウム汚染: その現状と将来性について」(2014)
2. 田中伸裕, 大森良弘, 藤原徹
福島水田におけるセシウム吸収のイネ品種間差
Journal of Plant Research 127 巻 1 号 JPR Symposium “Current status and future control of cesium concentration in plants and algae in Fukushima” 日本語抄訳集「福島における植物と藻類の放射性セシウム汚染: その現状と将来性について」(2014)
3. Yoshihiro Ohmori, Nobuhiro Tanaka, and Toru Fujiwara
Agricultural Implications of the Fukushima Nuclear Accident The First Three Years
Ed, Tomoko M. Nakanishi and Keitaro Tanoi, Springer Japan KK, Tokyo,
Chapter 4
Cesium Accumulation in Paddy Field Rice Grown in Fukushima from 2011 to 2013: Cultivars and Fertilization (p33-44) (2016)
4. Nobuhiro Tanaka, Yoshihiro Ohmori, and Toru Fujiwara
Impact of Cesium on Plant and the Environment
Ed, Dharmendra K. Gupta and Clemens Walther, Springer, Switzerland,
Cultivar Difference and Fertilizer Effects on Radioactive Cesium Accumulation in Rice Grown in Fukushima Paddy Field from 2011 to 2014 (p139-148) (2016)
5. Kenji Yano, Yoshihiro Ohmori, and Toru Fujiwara (2017)
Plant macro-nutrient use efficiency: molecular and genomic perspectives in crop plants,
Ed, Mohammad Anwar Hossain, Takehiro Kamiya, David Burrit, Lam-Son Phan Tran, and Toru Fujiwara, Elsevier,
Chapter 17
introduction to GWAS and MutMap for identification of genes/QTL using next-generation sequencing (p307-321) (2017)
水田土壌の窒素供給力を支える鉄還元菌窒素固定の学術的基盤解明と低窒素農業への応用
日本学術振興会: 科学研究費助成事業 基盤研究(S) 基盤研究(S)
2020年8月31日 - 2025年3月31日 妹尾 啓史, 増田 曜子, 伊藤 英臣, 早川 智恵, 藤原 徹, 大森 良弘, 小暮 敏博
根圏微生物との超個体化が覚醒させる植物の貧栄養適応機構
日本学術振興会: 科学研究費助成事業 学術変革領域研究(B)
2021年8月23日 - 2024年3月31日 晝間 敬, 大森 良弘, 田畑 亮
無核化処理により「シャインマスカット」の香気成分組成が変化する分子機構の解明
日本学術振興会: 科学研究費助成事業 基盤研究(C) 基盤研究(C)
2021年4月1日 - 2024年3月31日 本多 親子, 大森 良弘, 田中 福代
野生イネが持つ低栄養耐性分子戦略の解明
日本学術振興会: 若手研究(B)
研究期間: 2017年4月 - 2020年3月 代表者: 大森 良弘
砂質圃場における植物-栄養-微生物の相互作用の解明
東京大学: 平成30年度後期分農学創発基金(若手研究者支援事業)
研究期間: 2018年10月 - 2019年9月 代表者: 大森 良弘
文部科学省科: 先進ゲノム支援
研究期間: 2018年 代表者: 大森 良弘
野生イネイントログレッション系統を用いた玄米栄養の改変および分子マーカーの作製
日本学術振興会: 若手研究(B)
研究期間: 2015年4月 - 2017年3月 代表者: 大森 良弘
野生イネのミネラル輸送と利用
日本学術振興会: 特別研究員奨励費
研究期間: 2013年4月 - 2016年3月 代表者: 大森 良弘
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