Rafael Trueta es Médico Veterinario Zootecnista por la UNAM en 1965; al concluir la licenciatura realiza la maestría y especialidad 1965-67 en París, Francia. 

Trabajó 25 años en el Banco Nacional Agropecuario S.A. del que fue Subdirector General. 

A partir de 1979 imparte la cátedra de economía pecuaria tanto en la licenciatura como en el posgrado de la FMVZ de la UNAM; en 1982 crea la materia de planeación de empresas agropecuarias, y en 2010 la de economía de las producciones animales.

En el año 1998 es invitado a participar como profesor de tiempo completo del departamento de Economía y Administración del cual fue jefe a partir del 1 de julio de 2001. Es tutor de licenciatura y de posgrado (tanto en el programa de ciencias como en el de MVZ). 

Rafael Trueta es autor de 4 libros el último de los cuales, sobre Proyectos Ganaderos, materia en la que cursó la especialidad y se le reconoce como una autoridad. Ha presentado numerosos trabajos en congresos nacionales e internacionales y dirigido numerosas tesis de licenciatura y maestría y ha sido invitado a dictar conferencias magistrales en diversos foros científicos y profesionales nacionales e internacionales. Cuenta con trabajos publicados en revistas con comité editorial, uno de los cuales ganó, en 2001, el prestigiado Premio de Economía Agrícola "Ernest Feder" que otorga el Instituto de Investigaciones Económicas de la UNAM.

Fue miembro del Consejo Técnico de la FMVZ; del Comité editorial y fue editor de la revista Veterinaria México. 

Su actividad profesional se complementa con una larga carrera como consultor independiente de numerosas Instituciones y empresas mexicanas y también internacionales tales como el Banco Interamericano de Desarrollo, Instituto Interamericano de Ciencias Agrícolas, Instituto de Financiamiento del Desarrollo de la Agricultura y la Pesca del Banco Central de Portugal, Alto Comisionado de Naciones Unidas para los refugiados y el Fondo Internacional para el Desarrollo de la Ageicultura de las Naciones Unidas, entre otras.

Rafael Trueta perteneció a múltiples asociaciones profesionales en las que ha ocupó diferentes cargos directivos entre las que destaca la Academia Veterinaria Mexicana de la que fue socio emérito, en la que se desempeñó como su presidente. Fue miembro correspondiente de la Real Académica de Ciencias Veterinarias de España y de la de Galicia, además, fue socio y presidente de AMVEDRA.