Els avantpassats del Bichon Maltés vivien en les zones portuàries de les ciutats marítimes del Mediterrani amb la missió de caçar les rates i ratolins que s'acumulaven en els vaixells i magatzems.

El seu nom, maltès, sembla venir del vocable Màlat, que significa refugi o port i no de l'illa de Meleda, Croàcia, com en principi es podria pensar.

No obstant això, Màlat és un vocable que s'usava en moltes zones muntanyoses, inclosa la muntanya de Malta, per la qual cosa no es pot descartar aquesta illa com la del seu origen. Una altra hipòtesi apunta que la seva procedència és Sicília(Melita).

Les primeres referències que tenim d'aquesta raça provenen possiblement dels egipcis. En tombes d'alguns faraons han aparegut estàtues que recorden al bichon maltès, segle XIII aC. En el segle IV aC, Aristòtil esmenta aquests gossos, als quals