(影片 24min)
分子建構
簡單分子建構 : H2O NH3 CH4 CH3-OH CH3-CH3 CH3CH2-OH C6H6 graphite g-C3N4
技巧 : 原子取代, 原子拖動, 原子鍵結, 斷鍵, 更動鍵的型態, 自動+H, clean
方法 : 自己慢慢畫、內建模板、內建模板+修改、由外引入(cif:晶體結構 mol+pdb:分子結構 …. aspirin-chemspider)
檢查所建結果
各原子種類與數目是否正確、電荷、spin
是否符合對稱要求 (Build → Symmetry → Find Symmetry → Snap to Symmetry)
調整成特殊對稱
(Modify → Modify Hybridization → 挑對稱) → ( 手動鍵結接H → Clean)
從對稱中心下手, 以 P, PH, PH2, PH3, PH4, PH5, PH6 為例示範各種對稱。
(Build → Symmetry → Find Symmetry → Snap to Symmetry)
一些模組介紹
Amorphous Cell : 無固定形狀建構 : 例如100-H2O + 30-C2H5OH 混和成 特定密度
Forcite : 分子力學 幾何優選(計算結構) 或 分子動力學 (Molecular dynamics)
Dmol3 : 算結構 MO IR UV-Vis ….
Castep : 算 固體晶體 ...