El CIP ETI San Juan no organiza el servicio de transporte escolar; la organización del servicio se regula mediante O.F. 35/2022, de 11 de mayo, del Consejero de Educación para el alumnado residente en la Comunidad Foral de Navarra.
Las rutas de las distintas localidades llegan a CIP ETI Central. El alumnado de CIP ETI San Juan deberá hacer transbordo a los vehículos lanzadera que les trasladan a nuestras sedes (UPNA Y ETI San Juan).