תהליך ההכנה הוא שלב קריטי להצלחת המסע, והוא נמשך מספר חודשים טרם הנסיעה. במהלכו עוברים התלמידים סדרת מפגשים, סדנאות וסמינרים שנועדו להכין אותם מנטלית, רגשית וידעית לחוויות שיפגשו בפולין. ההכנות מתקיימות בשיתוף מלא של צוות המחנכים בבית ירח וצוות מדריכי הנוער של מרכז עידן. חלק מהמפגשים מתרכזים בלמידה היסטורית – שיעורים והרצאות על יהדות פולין לפני המלחמה, על מאורעות מלחמת העולם השנייה והשואה, ועל סיפורים אישיים של קורבנות וניצולים. במקביל, נערכות פעילויות קבוצתיות לחיזוק החוסן הנפשי והלכידות בין חברי המשלחת, כגון דיונים על משמעות הזיכרון, פעילויות גיבוש ותרגילי התמודדות עם תכנים רגשיים מורכבים.
במסגרת ההכנות משלבת התוכנית גם סמינרי עומק וסיורים מקדימים. למשל, נהוג לקיים ערב מיוחד להורים ולתלמידים בראשית התהליך, שבו ניתנת סקירה על מטרות המסע, שלבי ההכנה ומשמעותו החינוכית. בערב זה מקבלים ההורים מידע ארגוני (הרשמה, תשלומים, מלגות) ונפגשים עם צוות המדריכים המלווים. בנוסף, מתקיימים מפגשי הכנה עיוניים – חלקם בבית הספר וחלקם במוסדות זיכרון ארציים. בתי ספר רבים משתפים פעולה עם יד ושם ומוסדות דומים לתכנון יום עיון מרוכז: ישנם מפגשי למידה מקוונים, ביקור מודרך במוזיאונים (כגון ביקור ביד ושם בירושלים או בבית לוחמי הגטאות בגליל המערבי), וסמינרים מרוכזים בני יום-יומיים שבהם מתעמקים בנושאי השואה והמורשת היהודית שנכחדה. מפגשים אלה נועדו להכין את התלמידים מבחינה ידע ורגש, ולאפשר להם לעבד שאלות ותכנים עוד לפני היציאה מהארץ. לקראת המסע עצמו נערך סמינר מסכם בו מתגבשת המשלחת, מסכמים את תהליך ההכנה ויוצאים לדרך מלוכדים וערוכים להתמודד עם האתגר.
הצטרפות ונהלי הרשמה: ההשתתפות במסע היא על בסיס התנדבותי, אך היא דורשת עמידה במספר תנאי סף ונהלים. ראשית, התלמידים ובני משפחותיהם מתבקשים לקבל החלטה משותפת על הרצון להשתתף – זוהי מחויבות ערכית, רגשית וכלכלית משמעותית, ומומלץ מאוד לקיים שיחה בבית ולקבל החלטה משותפת לגבי ההצטרפות. תלמיד המעוניין לצאת למשלחת צריך להירשם במועד ולהגיש טפסי הסכמה והתחייבות (כולל אישורי בריאות מתאימים). כל תלמיד חייב לעבור ראיון אישי בפני ועדה פדגוגית, הנערכת בבית הספר מספר חודשים לפני הנסיעה. ועדת הראיונות מורכבת מיועץ חינוכי, מנהל המשלחת, רכז השכבה ומחנך הכיתה, ותפקידה לוודא את מידת ההתאמה והבשלות של המועמד להשתתפות במסע. בראיון נבחנים בין היתר המוטיבציה של התלמיד, חוסנו הנפשי, מידת האחריות והמחויבות שלו לעבור את תהליך ההכנה ולהתנהג בהתאם לכללים בזמן המסע. רק תלמידים שקיבלו את אישור הוועדה הפדגוגית יוכלו לצאת למשלחת.
מחויבות לתהליך ההכנה: בית הספר מדגיש בפני התלמידים וההורים כי ההשתתפות במסע מחייבת מחויבות מלאה לכל אורך שלב ההכנה. חובה על כל חניך וחניכה להשתתף בכל המפגשים, הפעולות והסמינרים המקדימים – היעדרות ללא אישור עלולה להביא להפסקת השתתפותו/ה של התלמיד/ה בתהליך ובמסע. בנוסף לנוכחות, נדרשת מהמשתתפים מעורבות אקטיבית – השתתפות בשיחות ובדיונים, שיתוף בקבוצה ולקיחת חלק במשימות, כהכנה חיונית ליצירת חוויה משמעותית עבורם. בית הספר רואה בהורים שותפים חשובים להצלחת התהליך, ולכן מעבר לערב הפתיחה להורים, ייתכנו מפגשי עדכון נוספים ופעילויות משותפות להורים ולתלמידים במהלך ההכנה.
לקראת היציאה, על התלמידים לוודא את כל ההיבטים הטכניים: הנפקת דרכון בתוקף, רכישת ציוד מתאים וביגוד חם, וקבלת חיסונים במידת הצורך (למשל חיסון נגד חצבת, כפי שנדרש בשנים קודמות) – בהתאם להנחיות משרד הבריאות. בית הספר יספק רשימת ציוד מומלצת ומידע רפואי לקראת הנסיעה, ותדריך את התלמידים וההורים בכל שאלה לוגיסטית שתעלה.