התלמידים המשתתפים בפרויקט מדע אזרחי "מדוזות בע"מ" יכולים להשתתף בו בדרגות שונות של השתתפות: מדיווח על תצפיות במדוזות, או חקר במסד הנתונים הקיים בלבד, ועד להשתתפות נרחבת הכוללת גם דיווח על תצפיות במדוזות וגם חקר של מסד הנתונים שהתקבל מהדיווחים שלהם ומדיווחים של אזרחים בכל הארץ. בהתאם לכך משתנה גם היקף השעות הנדרשות להפעלת הפרויקט בבית הספר.
ההשתתפות בפרויקט משולבת בתהליך למידה ובחקר על המדוזות, המפורטים ברצף ההוראה במוצר המדף.
תהליך הלמידה מובנה על החוויות והידע הקודם של התלמידים בהקשר למדוזות. הלמידה יוצאת מהכרות עם הבעיה – פריחת המדוזות בים התיכון לאורך חופי ישראל, והנזקים שהיא גורמת. התלמידים לומדים באופן עצמאי ושיתופי על ההשלכות של פריחת המדוזות בהיבטים שונים – כלכלי, אקולוגי, חברתי ועוד, ומלמדים את עמיתיהם. ידע זה משמש אותם בדיון על חשיבות החקר של תופעת המדוזות בישראל. בהמשך, התלמידים מכירים את המושג "מדע אזרחי" ומתוודעים לפרויקט המדע האזרחי "מדוזות בעם", אשר בו אזרחים מכל רחבי ישראל נוטלים חלק במחקר המתבצע על ידי מדענים מאוניברסיטת חיפה, ומדווחים על תצפיות במדוזות בחופי הארץ. בהמשך הלמידה ביחידה התלמידים לומדים באופן חוויתי, משולב טכנולוגיה, על המדוזות – על מאפייניהן, על מחזור החיים שלהן ועל סוגי המדוזות בחופי ישראל. חלק הארי של היחידה מוקדש לתהליך חקר במסד הנתונים שהתקבל מדיווחי אזרחים בפרויקט "מדוזות בעם". התלמידים מבצעים חקר מודרך בקבוצות במסד הנתונים, תוך שהם מנסחים שאלות חקר והשערות, מעבדים את הנתונים, מייצגים באופן גרפי את הממצאים ומציגים את תהליך החקר שלהם ואת מסקנותיהם בצורה של כרזה מסכמת.