L’école Sainte Marie est sous contrat d’enseignement avec l’Etat et, de ce fait, sous la responsabilité des instances académiques de l’Ain.
Elle est, comme les autres établissements privés catholiques, sous l’autorité et la responsabilité d’un directeur diocésain, et de l’évêque, Monseigneur Roland.
La DDEC, Direction Diocésaine de l’Enseignement Catholique, siégeant au 29 rue Docteur Nodet à Bourg, est elle-même sous la responsabilité du Secrétaire Général de l’Enseignement Catholique, M. DELORME Philippe.
Enfin, le partenariat est précieux entre l’APEL (Association des Parents d’élèves) , l’OGEC (Organisme de Gestion de l'Enseignement Catholique) et la direction pour assurer aux enfants et aux personnels les meilleures conditions de travail possibles.
L'école bénéficie du soutien financier des mairies de Bourg-en-Bresse, Virat, Péronnas et Saint-Denis-lès-Bourg.