Навчально-науковий інститут післядипломної освіти Донецького національного медичного університету було засновано в 1962 році, як факультет удосконалення лікарів, у зв’язку з потребою закладів охорони здоров’я Донецької області у висококваліфікованих кадрах та з метою удосконалення післядипломної освіти лікарів. З 1996 року факультет було реорганізовано в факультет післядипломної освіти, з 2007 року мав назву – факультет інтернатури та післядипломної освіти, а вже з 2023 року нає сучасну назву - навчально-науковий інститут післядипломної освіти.

В 2014 році, після евакуації Донецького національного медичного університету за новою юридичною адресою у місті Лиман, факультет інтернатури та післядипломної освіти розпочав свою діяльність у місті Краматорськ. За 2014-2021 роки факультет інтернатури та післядипломної освіти випустив більше 1500 лікарів (фармацевтів) - інтернів, провів підготовку на курсах спеціалізації та тематичного удосконалення  більше ніж для 20 000 фахівців сфери охорони здоров'я.

З 2019 року на факультеті інтернатури та післядипломної освіти розпочалась підготовка здобувачів другого (магістерського) освітньо-кваліфікаційного рівня вищої освіти за спеціальністю 281 "Публічне управління та адміністрування".

З початком повномаштабного вторгнення Російської Федерації, Донецький національний медичний університет було вдруге релоковано до міста Кропивницький.

Відповідно до рішення Вченої ради Донецького національного медичного університету від 29.06.2023 року, наказу Донецького національного медичного університету від 29.06.2023 року № 302 "Про внесення змін в організаційну структуру ДНМУ", факультет інтернатури та післядипломної освіти було реорганізовано, шляхом перетворення у навчально-науковий інститут післядипломної освіти.

На сьогоднішній день, навчально-науковий інститут післядипломної освіти ДНМУ охоплює майже 20 кафедр, які проводять навчання професіоналів (лікарів, осіб з вищою не медичною освітою) та фахівців (молодших спеціалістів (бакалаврів) з медичною освітою) у сфері охорони здоров'я, лікарів (фармацевтів) - інтернів.  Кожного року, на базі кафедр навчально-наукового інституту післядипломної освіти, проходять навчання більше 400 лікарів-інтернів, майже 4000 слухачів. Кафедри ННІ ПО налічують більше 120 програм тематичного удосконалення професіоналів у сфері охорони здоров'я, майже 250 програм тематичного удосконалення для фахівців у сфері охорони здоров'я, необхідних для нарахування балів безперервного професійного розвитку; більше 80 програм спеціалізацій для отримання нового фаху професійоналами та фахівцями у сфері охорони здоров'я. 

Навчально-науковий інститут післядипломної освіти проводить навчання в інтернатурі за всіма існуючими спеціальностями інтернатури в Україні, що надає змогу випускникам медичних (фармацевтичних) закладів вищої освіти та факультетів отримувати кваліфікацію лікаря (фармацевта) - спеціаліста та розпочинати практичну діяльність лікаря. Підготовка магістрів за освітньою програмою "Публічне управління та адміністрування в галузі охорони здоров'я" спеціальності 281 Публічне управління та адміністрування забезпечує заклади охорони здоров'я, структурні підрозділи з питань охорони здоров'я державних адміністрації всіх рівнів та інші заклади зразковими спеціалістами-керівниками.

ННІ ПО активно співпрацює з іншими закладами вищої медичної освіти, обласними, районними та міськими департаментами (управліннями) з питань охорони здоров’я, закладами охорони здоров’я І, ІІ та ІІІ рівнів медичної допомоги усіх форм власності, що забезпечує повний цикл безперервної освіти слухачів.

Найголовнішим принципом провадження освітньої діяльності ННІ ПО є принцип доступності безперервної післядипломної медичної та фармацевтичної освіти протягом всієї професійної діяльності лікарів, провізорів, молодших спеціалістів (бакалаврів) з медичною освітою, фахівців з вищою немедичною освітою, що працюють в сфері охорони здоров'я. Структура та склад ННІ ПО повністю задовольняє потребу закладів охорони здоров’я Кіровоградської та Донецької області в висококваліфікованих кадрах.