Расцвет Колмовского монастыря приходится на XVII век. В 1706 году новгородский митрополит Иов приказал провести работы по благоустройству монастыря и основал при нём больницу для инвалидов и первый в России воспитательный дом для сирот и незаконнорождённых детей. В 1764 году в ходе церковной реформы монастырь был упразднён, церковь стала приходской. С XVII века на территории монастыря располагалась колония для умалишенных, в XIX веке церковь также была тюремной (при пересыльной тюрьме).
В настоящее время — действующий православный храм.