Единственный древний храм, который сохранился до наших дней в Неревском конце Новгорода в пределах земляного вала.В древности мимо церкви Феодора Стратилата проходила Щиркова улица.В конце XIII века храм был отстроен заново, уже в то время он был посвящен св. Феодору Стратилату. Существующее здание относится в основном к середине XVI века — это двухэтажный пятиглавый храм.
После шведской оккупации (1611–1617) церковь долгое время стояла в запустении.